海运直航是两岸直接“三通”的主要内容之一。
1979年元旦，全国人大常委会发表《告台湾同胞书》，首倡两岸“双方尽快实现通航通邮”，“发展贸易，互通有无，进行经济交流”。
1979年8月，交通部负责人明确表示愿就迅速恢复和发展两岸海上客、货运输问题同台湾航运界进行协商，并宣布大陆各对外开放港口均可对台湾船舶开放。自1988年起，随着两岸间接贸易的开展，台湾商船间接绕道运输两岸间的贸易货物，大陆方面给予台湾船舶优惠待遇，又陆续批准台湾船公司在大陆设立独资及合营公司、航运代表处。两岸航运企业得以联营从事外贸货物运输，增强了两岸航运公司在国际运输市场的竞争力。
从1985年起，大陆方面先后制订和颁布了推动两岸“三通”的7个法规，1996年8月，又公布了《台湾海峡两岸间航运管理办法》和《台湾海峡两岸间货物运输代理业管理办法》。1997年4月，福州、厦门至台湾高雄港的试点直航启动，结束了两岸48年来商船不能直接通航的历史，但两岸贸易货物不能由试点直航船舶运送，而须经第三地中转。1998年起两岸贸易货运船舶经第三地换单不换船，一船到底航行两岸。2001年，金门、马祖与福建沿海地区的海上客、货运航线开通（俗称“小三通”），近年来又进一步扩大了实施范围。
事实证明，两岸海运直航完全具备条件。然而过去长期以来，两岸海运通航一直停留在局部、单向、间接的状态，远远无法满足两岸人员往来和经济贸易的巨大需求。
自1992年9月起，两岸民间航运组织成功举办了多次海峡两岸海上通航学术研讨会、数十次专题研讨会，从技术、业务层面进行了广泛交流和深入探讨，达成了诸多共识，找到了双方均可接受的解决办法。
两岸两会于今年恢复制度化协商后，将两岸海运直航纳入协商议题。根据两会领导人11月4日在台北签署的《海峡两岸海运协议》，双方同意相互开放主要对外港口作为直航港口，两岸船舶经许可后都可从事两岸间客货直接运输。大陆方面表示，愿本着互惠互利、方便快捷的原则，尽可能扩大两岸海运直航的受惠面，将其正面效益最大化，充分发挥其积极作用。
交通运输部12月12日发布《关于台湾海峡两岸间海上直航实施事项的公告》和《台湾海峡两岸直接通航船舶监督管理暂行办法》，并于12月15日开始实施。
两岸海运直航于15日开始正式实施，据业内权威人士估计，按照两岸年贸易额1000亿美元、年运输量7000万吨计算，两岸实现海运直航后，与绕航模式相比，每年可节省运时11万小时，降低运费超过1亿美元。
