澳门海关表示，港珠澳大桥澳门口岸设计、功能及通关模式等，均有别于目前澳门各陆路口岸，为此澳门海关特别进行宣传介绍，让市民、旅客及进出口岸人员尽早了解，以享用便捷的通关服务。
澳门目前各口岸的通关模式是首先接受证件查验，再进入海关关检区域。澳门海关为配合港珠澳大桥澳门口岸“合作查验，一次放行”的创新通关模式，对出境旅客的检查流程作出了调整：出境旅客首先进入出境大堂的安全检查区域，接受保安人员安全检查，然后会通过海关关检区域，最后再进入证件查验区接受证件查验，完成整个通关程序。
在入境方面，与目前的通关模式相同，即旅客首先接受证件查验，然后通过海关关检区域。在关检设备方面，澳门海关配置了多种检查系统新型设备，以更有效地执行海关的关检职责。
