保税港区无论是自由度还是开放度，都远不如自由贸易港区。因为保税港区仅享有优惠的税收政策，仍实行较严格的备案管理，手续简化有限。为此，九三学社社员、上海海事大学教师方敏和肖钟熙建议，将浦东航空港、洋山深水港与外高桥港区三港连成一片，建成浦东自由贸易港区。
方敏和肖钟熙认为，贸易便利化加速要素跨境流通，降低贸易成本，是国际贸易的发展趋势，也是国际贸易中的竞争手段。2010年，我国在世界贸易便利指数排名中排第48位，上海虽然在贸易便利化方面走在全国前列，但与发达经济体相比仍有较大差距。
“设立自由贸易区是国际上通行的做法，可保证国际航运中心成为高度便利的平台，使货物流通过程中的手续最大限度地简化，而且这些手续能够无缝连接以加速货物的流通与降低成本。”方敏说，上海口岸外贸货物总值几乎占全国外贸总额三分之一，通过三港的外贸货物占上海口岸85%以上。在通过上海口岸的外贸货物中，中转货物在上海口岸占六成，表明上海建设自由贸易港区后受益地区多。此外，“属地申报，口岸放行”的大通关方式目前已运用于三分之一外贸货物，上海国际航运中心便利化建设已有相当基础。上海三港在此方面还具有独特优势，包括了空港、海港在内自由港区，将能实现海空联运、空运中转，很好满足海空联运攀升的需求。
不过，要一步到位建成自由贸易港区还有很大困难。方敏和肖钟熙建议，上海需要按照《国务院关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业建设国际金融中心和国际航运中心的意见》精神，在建设“国际航运发展综合试验区”过程中加快功能建设。
他们提出，在试验区中，除实行《意见》中提出的优惠政策外，可把一些自由贸易港区的功能建设作为提高体制运行效率的创新举措，在洋山港区“先行先试”，然后在外高桥港区与浦东航空港推行，把三港打造成在现行政策条件下开放度最高、贸易便利化程度最高的平台，成为实质上的自由贸易港区。
他们还建议，根据《意见》中“探索创新海关特殊监管区域的管理制度，更好地发挥洋山保税港区的功能”的要求，除尽快落实启运港退税政策，还可在海关监管制度上有所突破：如开辟绿色通道，保证海关在网上根据电子标签提供的信息解决三港间自由移动；解决好国际中转与海空中转过程中拆并箱问题；在港区内设立保税仓库为货物在港区内进行加工提供方便等。
