马士基经常长时间不在家，一方面因为他要在办公室工作很长时间，同时他还不得不去一些较远的地方，例如美国。年老的A.P.穆勒则会按惯例去一些比较近的国家，例如英格兰、德国、瑞典和挪威。
在美国，马士基才开始以一个经理人的身份独当一面，肩负起保全整个舰队的重任，工作能力也有了质的飞跃。因为在美国，每做出一个决策都无法像在丹麦一样与父亲事先进行商量，即便父亲是严厉的，却能给他很多鼓励。
为何前往美国，这要追溯到二战中德军占领丹麦六个星期后。A.P.穆勒清晰地记得1940年4月9日一大早，他的儿子急匆匆地跑过来叫醒他，告知德军已经侵占了整个丹麦。A.P.穆勒表示他对此并不感到意外，因为他早已“意识到”或者说得知德军即将攻占丹麦的消息。因此，在4月9日的前一天晚上，他和他最亲密的合作伙伴，包括他的儿子，一同向管理公司46艘轮船的船长发出了指令，命令他们尽可能迅速地驶向中立海港。最后只有少数的几艘轮船没有按指示行动，因为船上的海员强调轮船已经应征入伍，要为盟军提供战事服务。
当战争来临的时候，A.P.穆勒这是第一次求助于儿子为了给公司保留尽可能多的船只，A.P.穆勒采取的下一步措施就是派儿子到美国去整合公司的整个舰队。那是极其信任的表现，那时马士基才26岁，加入公司8年。尽管他很年轻，战时战事更加诱发多种不确定，但对于父亲提出来的要求，马士基从来都是毫不犹豫地满口答应。
马士基面对着回到丹麦后刚刚起步的职业生涯突然被迫停止，而且美国之旅困难重重。最初是被篡权的汉斯·伊斯布兰德森表弟极力压制直到1940年12月，A.P.穆勒给他在纽约的律师发了一封电报，明确告知之前对伊斯布兰德森的所有授权从此不再具有任何法律效力。此前的5月份，马士基刚成为A.P.穆勒公司的合伙人。从那以后，公司所有船只的船长都只听命于马士基。
初役“涅槃”
在1941年丹麦沦陷后，美国的海岸线警察登上了德国、意大利和丹麦在美国的商用船只，并且接管了所有轮船的控制权。为防资产落入德军之手，马士基和父亲的银行账户全被冻结。马士基夫妇被迫白手起家，从头做起，他后来简洁地总结道：“我们被禁止做一切与航运有关的业务。尽管我们创建了"穆勒贸易公司"，但并没有多少可以用于交易的商品，也缺少足够的客户。”
到达纽约后的前4年里，他与在哥本哈根的父亲也很少能够联系上。一切都只能靠自己了，他偶然加入了一家印度俱乐部，以此为平台认识了更多的生意人，并与大家保持着很好的交情，其中就包括丹麦驻美国大使亨瑞克·考夫曼，他帮助马士基拓宽了交际面和使事业重归正途，那些在战争中幸存下来的船只又重新回归他的名下，而且还获得了相应的使用费和折旧费用，这笔资金对于巩固公司和战后重建极其重要。
伴随这次商业剧变，马士基一家也发生了重大变化。马士基夫妇后来向孩子们讲述了当时独自待在美国的那种艰难与孤独感受，并再也难以忘记美国带给他的那种令人难以想象的活跃经济氛围，那种氛围会极大地激发人们的斗志。没有不能解决的问题!任何困难当然，疾病和死亡可能除外，都会有解决之道!这正是身为接班人之后马士基身上逐渐发扬光大的精神。
直到1947年11月，34岁的马士基才回到哥本哈根。从此以后，他将再一次在他父亲的指导和严格监督下工作。不过，父亲和儿子负责的不同业务领域已经被明确地列出儿子的职责除了发展邮轮运输业务外，还要负责检修船只和机械设备、重建船舶租赁部门和重新起草保险条款。毋庸置疑的是，A.P.穆勒是老板。
他们开始在国王新广场共用一个办公室并肩工作。但是在那段时间里，年轻人时常会产生一些与父亲不同的想法，或者违反父亲的意愿去尝试一些新的事情。和去美国之前相比，这是一个很大的变化。
在那个时期，马士基不得不将自己的计划放到一边，把自己的工作量扩大到极点，以贯彻执行父亲冲动而任性的想法。在回忆录《父亲、儿子和公司》一书中，马士基的亲密朋友、IBM公司创立人的儿子小托马斯·沃森(Thomas Watson，Jr.)谈到，“在父亲的光环下继续前进，对他来说是十分困难的一件事。马士基的妻子曾经告诉我，假如穆勒先生再多活五年，那么在医院里离开人世的人将会是马士基了，但是马士基还是坚持了下来。”
即便青年时代堪称是在“被允许”之中度过的，马士基也从来没有抱怨自己必须得对父亲言听计从。安娜则回忆道“那段日子颇不平静，我父亲提出的一些想法总是处于他父亲的详细审查之下。那是父亲最好的年华，他颇有创造力，而且有了经验。”
马士基自己多年后表示，他感到自己肩负着一种责任，他要将毕生的事业推向前进，而且要符合父亲的行事标准。2004年4月，在纪念公司成立百年之时他说道：“我是这个公司缔造者的儿子，我继承了很多很多的责任。在公司创立时所秉承的拼搏精神指引下，我已经尽最大努力推动公司继续向前发展了。”
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