2006年4月，为贯彻《中共深圳市委深圳市人民政府关于实施自主创新战略建设国家创新型城市的决定》，深圳海关对外公布支持深圳市实施自主创新战略、建设国家创新型城市的六项配套措施。
一是开通特别优惠通关通道。海关将根据企业守法情况和信誉等级，对自主创新企业特别是拥有自主知识产权、促进循环经济发展的企业或项目，优先纳入分类通关监管制度中特别优惠通关通道，简化海关手续，实施标准化、模块化、集成化的分类通关模式。实行“提前申报，货到放行，事后递单”的前推后移式通关监管管理，提高通关效率。
二是优先实施海关最新版本联网监管。完善和拓展保税区、出口加工区等特殊监管区域的功能，支持自主创新企业进入特殊区域。进一步完善联网监管模式，推行海关总署第二代联网监管版本，为自主创新企业优先实施海关联网监管。
三是客户协调员提供个性化服务。进一步推行海关客户协调员制度，为自主创新的高新技术企业提供个性化的服务。开展对自主创新企业的海关通关业务的知识培训，及时解决企业发展过程中出现的问题和困难，促进企业发展。配合深圳市政府“蓝色通道”工程，加大对自主创新型中小企业的指导、扶持力度。
四是鼓励申请海关知识产权保护。严厉打击盗版、侵犯知识产权等的走私违法活动，加大知识产权边境保护的力度。同时，加强与协会、企业的联系沟通，宣传海关知识产权保护措施，鼓励自主创新企业申请海关知识产权保护。
五是对研发类原材料实行保税监管。用好税收优惠政策，支持自主创新企业发展。按照国家产业、财税、贸易等政策规定，对符合条件的自主创新企业实行保税监管政策，对其进出口用于研发、加工的原材料实行保税监管制度。在科研方面用足用好国家优惠政策，在科研机构进口科研设备仪器的减免税审批上提供更为快捷、优质的服务，支持科研部门的自主创新活动。
六是依需要进行制度创新和流程再造。加强海关自主创新能力建设，根据形势发展的需要进行制度创新和流程再造。加大整合创新力度，重点抓好通关监管、各业务分析监控和执法监督系统、管理资源等三项整合创新项目。夯实基础，全面提升基层的执行力，不断提高工作质量和科学管理水平。
