中国铁路总公司的设立标志着铁路行业政企分开迈出实质性步伐。总公司承担以铁路运输为主业的企业职能，并承担铁路安全生产主体责任。总公司作为国有独资的铁路运输企业，在提供运输产品和服务的同时，须接受交通运输部、国家铁路局的监管和行业管理。
关于监管或管制，市场经济国家通行的做法是由监管主体依据法律、法规对被监管主体即企业或行业实施的一种干预或纠偏行为，即管理学意义上的控制。这种控制是以具体的法律法规为目标或依据，对于不符合目标或依据的企业行为进行强制性处置或处罚。铁路是基础性交通设施，铁路运输行业由于其基础性、开发性、外部性、战略性以及铁路网络设施所表征出的自然垄断属性，一直是政府监管最早、最多、放松最晚的行业之一。在我国，由于铁路运输在国民经济中具有重要地位，铁路又被赋予国民经济大动脉、大众化交通出行工具的职责，因此对铁路行业的监管将是必不可少的一项政府职能或社会职能。一般的，对铁路的监管或管制又可细分为安全监管、市场监管和经济监管，三种监管均不可或缺，又互为补充。
运输业攸关人民群众生命财产安全，所以安全监管是对铁路运输最重要的监管，这种监管不仅体现在安全标准的制定或监督落实，还体现在对安全预防措施实施、安全管理体系建立以及应急响应预案编制的监督落实。安全监管由于专业性强，这里不作展开论述。
市场监管侧重于维持市场的充分竞争性，虽然目前中国铁路总公司几乎提供全部铁路运输服务，但铁路客、货运输只占运输市场份额的29.4%和16.9%，不具有市场占优地位，不具有运输市场上的垄断地位。当然，我国区域经济发展不平衡，某些局部区域可能无替代性运输方式或其他运输方式不充分，铁路运输可能在供给上有一定垄断地位，市场监管就要防止垄断运输提供商利用垄断地位来获取垄断利润。考虑到我国铁路路网尚未完备，公路比铁路相对来说更遍及，因此，交通运输部层面对铁路暂无必要过多市场监管。铁路运输产业层面，鉴于目前总公司旗下有18个铁路局和3个专业运输公司，它们均是注册运输企业和法人，国家铁路局应该创设内部竞争环境，承担铁路运输企业的资质认定，鼓励更多合格市场主体进入铁路运输市场，以此来引入竞争，提高铁路运输效率。当然，对于偏远路局或地方亏损支线，在没有进一步重组整合前，国家铁路局应监督其成本收益管理，明确和落实国家补贴政策、标准以及实施细则。
美国铁路客运由国有铁路公司Am-trak独家提供，尽管有垄断嫌疑，但发达的民航及高速公路使美国铁路客运只占不足 1%的市场份额，并出现亏损。这种情形下，美国政府自然无须对Am-trak提出垄断调查，反而平均每年补贴十多亿美元。但对铁路货运，管制机构却注意防止垄断，保持竞争，同时还在兼顾它们的规模经济和竞争力。在美国，年收入在2.5亿美元以上的货运公司为Ⅰ级货运商，1973年美国有73家Ⅰ级货运商，正是注意到规模不经济和过度竞争，美国政府一度积极鼓励货运公司兼并，到2000年锐减为7家（包括2家加拿大公司），市场份额占到2/3，另有500多家Ⅱ、Ⅲ级铁路公司。政府和多数学者认为现在的产业集中度兼顾了规模经济和竞争环境，不宜再进行兼并，因此管制机构对横跨东西的货运公司兼并非常审慎，要求合并方充分说明兼并对公众利益的改善。
经济监管主要侧重于运价监管、企业或行业利润监管等。我国铁路运价标准一直由发改委核准制定，铁路企业几乎没有运价自主性，由此也部分决定了铁路企业或行业利润率偏低、收益性不足。从世界范围看，铁路客运在发达国家已经被看作是公共交通的拓展，是一种具有公共品性质的基本品。铁路客运定低价可以促进基本出行服务的充分供给，有利于社会福利提升，为此，铁路客运需要补贴，或来自政府，如欧美国家；或来自货运或运输多元经营，如俄、印、中；而日本则有些特殊，日本本州地形狭长、人口密集，再加上极高的出行率使本州三个客运公司实现盈利，但相当大的一部分收入来自“关联事业”，即多元经营；而另外三岛的三个客运公司则需要经营稳定基金的补贴来维持运营。欧洲也有细分：德国侧重补贴区域客运，长途客运执行市场化定价；法国把普速铁路看作基本品进行补贴，高等级铁路运输更多运用市场定价或效率定价方法。我国铁路政企分开后，定价自主性会增强，运价市场化程度会上升，对运价的管制也会分化。凡政府补贴的，运价制定可采用价格听证制度；财政不补贴的，定价权交由运输企业，但仍需要一定的限价监管来逐步过渡，因为我国情况比较复杂，不能完全排除铁路运输在局部市场或特定物资运输上具有占优或支配地位。借鉴美国经验，运价应位于可变成本的1—1.8倍区间内，超出此区间则应管制调查。此外，为促进铁路运输企业开拓和稳定市场，鼓励合同运输，合同运价可免除管制，由市场主体平等自愿协商决定。另外，农业是弱势产业和基础性产业，是具有正外部性的产业，因此即使在自由主义传统的美国，农业也受到运价优惠。我国也应保持并适度加大涉农物资运输的优惠力度，为此需要相应的运价管制。
未来，随着我国多种交通运输方式的竞争和发展，以及需求环境的改变，运输买方市场特征逐渐显现，这就要求给予运输企业更大的价格自由度，以充分发挥价格机制在资源配置、促进竞争、增进效率方面的作用；同时还需防止局部铁路运输企业对无替代运输货主收取高额收益，在判断垄断程度时，美国铁路运输企业市场占优的三种情形有参考意义：即运价拟变动的铁路占有运输市场70%以上的运量；运价高于变动成本的180%；货主对铁路设备有大量投资对铁路运输有沉没成本。
在政企分开目标下，运价管制也应体现运价公平合理与运输企业合理利润相结合理念，既促进社会整体经济与福利的发展，又确保企业的财务独立性和可持续性。为防止部分铁路运输企业获取垄断利润，运输成本应该明确核算，铁路企业制定并公布成本指数是实施运价管制的前提。对于外围亏损线路、收益不充足企业，可以根据运输成本指数制定提价和政府补贴细则，考虑到我国铁路运输公益性和开发性更强特征，收益不充足运输企业提价速度应更审慎，借鉴美国铁路收益不充足企业提价细则，可以规定3年内每年可按高出成本回收指数 3%—5%速度提价，但累计不能超过一个上限，提价不能满足正常收益部分，由政府或受益方，包括地方政府来补贴。
由于我国整体社会处于工业化、城市化中期，铁路运输对于区域经济增长、产业结构优化、集中统一市场形成及社会福利提升具有正外部性。因此，对于我国铁路运输问题，应该在加强运价公平合理性监管的基础上，兼顾运价管制的效率性。具体而言，客运宜维持统一的定价标准以保持出行权的公平性，且铁路客运宜维持低价位以增进民众福利。对于货运，由于货物供需双方基本都是市场主体的经济行为，因此宜进一步放松运价管制。特别是我国铁路单位运价明显低于公路和航空，铁路运价上升也使运量难以快速下降，即需求弹性小。而铁路客运由于其他运输方式的竞争，以及铁路客运随着高速铁路的发展而供给能力发生阶跃，需求弹性大，因而维持客运低价、货运适度提价，特别是发达区域间货运提价是符合拉姆齐差别定价原则的，对于社会福利是有正向贡献的。考虑到目前我国铁路运输的低价位，我国铁路运价管制放松后，预计运价会出现一定程度上升。美国铁路运价放松管制后总体运价也是先出现上升后呈总体下降特征。长期看，随着产业结构升级及各种运输方式的竞相发展，预计我国铁路运价也会出现先升后降，这将更利于总体社会福利的增进。
