东渡港区
东渡港区：以调整、完善既有设施的布局和功能为主，发展集装箱运输，发挥毗邻保税区的优势，积极推进区港联动，发展现代物流。
海沧港区
海沧港区：重点发展集装箱中、远洋干线运输为主，与嵩屿港区共同构成全港集装箱干线运输的主体港区，并为海沧台商投资区临港工业发展服务，逐步成为发展现代物流的基础平台。
嵩屿港区
嵩屿港区：在充分发挥现有煤炭、成品油码头作用的基础上，重点发展集装箱干线运输，并成为全港集装箱干线运输的主体港区之一。
刘五店港区
刘五店港区：厦门港远景重点发展的港区，将以集装箱运输、临港工业开发为主，并为对台经贸合作和“三通”服务。
客运港区
客运港区：发展国际客运和海峡对台“三通”、海湾滚装运输以及沿海、本地区内的短途客运。
石码港区
石码港区：主要为漳州市和龙海市地方物资运输服务，并为九龙江两岸及来往厦门的客运服务。
招银港区
招银港区：依托漳州开发区和厦门湾南岸地区经济，以发展集装箱和杂货运输为主，兼顾海湾、海峡客滚运输。
后石港区
后石港区：依托后方临港重化工业区的大型临港工业港区，重点发展大宗散货码头。
发展思路
新厦门港的发展将按照“一、二、三、八、五”的思路来推进各项工作。
即突出“一个中心”（发展港口集装箱运输的中心地位），做好“两个协调”（兼顾集装箱与散杂货、货运与客运的协调发展），打好“三张牌”（大陆对台最主要通航口岸，国家主枢纽港，逐步发展为国际中转港），重点打造“八大港区”，实现“五个推进”（推进“区港联动”向自由港转型，推进对台航运和中转业务向区域性航运物流中心转型，推进港湾资源整合形成比较优势，推进港口信息化，推进港口体制创新），最终向海峡西岸经济区航运物流中心方向迈进。
