事实上，长江最缺的就是深水港。长江干流从四川宜宾至长江口全长2808公里，岸线资源丰富，但适合建设港口的优良岸线十分有限。与此同时，长江航运“低能耗、大运量、小污染”的优势正得以不断发挥。据原交通部部长李盛霖透露，“十五”期间，中国港口货物吞吐量和集装箱吞吐量年均分别增长17.3%和26.4%，是“九五”末的2.2倍和3.2倍。
面对如此诱人的蛋糕，一些地方竞相兴建港口码头。据了解，江苏省沿江各市几乎都提出了“以港兴市”战略。按照1990年代的统计数据，南通以上的60公里岸线上，先后建立万吨级泊位68个，平均0.9公里一个，千吨级泊位更是难以计数。在武汉，其辖区内岸线140公里，建深水港条件最好的地方仅阳逻一处，岸线约为2000米，却没有得到有效保护。原本用浅水岸便可以满足生产的水泥厂，竟超规划占用700多米的深水岸线。“2010年以后，武汉不得不花更大的代价，去建新的集装箱深水港区。”金义华不无忧虑地说。
交通部战略规划处处长刘占山称，目前岸线的资源规划在交通部层面上基本控制不了，地方政府都在搞沿江沿海的临港工业，货主码头挤占岸线的问题比较严重。
自上世纪80年代以来，国家先后投资数十亿元人民币，在南京以上的芜湖、安庆、九江、黄石、武汉、城陵矶、重庆等港口，建成数十座5000吨级外贸码头和集装箱码头。由于长江大桥净高对船舶通行的影响，长江中上游的大量出口货物通过公路、铁路而舍弃了长江。长江中游的外贸码头船舶靠泊率很低。
金义华认为，低水平重复建设，不仅使港口能力出现结构性过剩，且引发恶性竞争，浪费了宝贵的岸线资源，制约了深水港发展。一些地方长江岸线管理“政出多门”，是港口盲目扩建的原因之一，水利、土地、交通、堤防、城建、口岸委都拥有审批权。据媒体报道，江苏南通市在通州沙水道约2.5公里范围内，由于不同部门的批准，4个性质相近的企业各自建立了同类型的码头。
金义华建议，应该结合流域经济和社会发展需要，将长江全部岸线纳入统一规划范围，深水深用，浅水浅用，远近结合，综合开发。当务之急是，由水利部牵头、交通部派驻长江的机构协助制定长江岸线规划，尽快制定长江干线港口深水岸线管理办法。
《港口岸线管理规定》即将出台
国家发改委综合运输研究所运输管理和物流室主任冯浩对《凤凰周刊》表示：“对于以往形成的结果，应该积极地以技术手段和管理部门之间的协调来应对，而不是采取极端的手段给予拆除。”
冯浩称，中央政府对于长江的开发和规划问题越来越重视。据介绍，在交通部公布的“十一五”规划中，“大力发展内河水运，加快长江黄金水道建设”，被列为“要着力办成的6件大事”的第4位。
交通部官方网站透露，长江水运发展的具体目标是：南京以下航道实现深水化；长江中游航道通过能力比现在平均提高两倍以上；形成以上海国际航运中心为龙头，布局合理、层次分明、分工协作、优势互补的长江港口体系；干线货运船舶基本实现标准化，船舶平均载重吨位达到1200吨以上，达到欧美内河水运发达国家的平均水平，船舶运输成本降低30％以上。
2006年4月3日，《凤凰周刊》从交通部水运司综合运输处处长李良生处获知，今年“两会”时提交的相关提案正汇集到司里，提案办理尚在进行中。
据交通部水运规划处处长毛健透露，关于长江建桥问题，中央领导已有批示，国家发改委正在着手制订长江建桥的规划。前不久，发改委还专门组织召开了一个大江大河过江通道规划的审查会，对于长江上桥梁怎么控制进行商讨。
毛健说，交通部与发改委正依据《港口法》的规定，就港口岸线资源保护研究对策，加强管理。新的《港口岸线管理规定》也即将出台。
