1998年以前，台当局不仅禁止台商投资大陆港口与航运业等，而且不允许台湾航运业及相关事业在大陆设立办事机构。1998年6月24日，台湾经济主管部门正式施行“在大陆地区设立办事处从事商业行为审查原则”，开放船舶运送、船务代理、船舶出租、港埠、航空货运承揽、民用航空运输与电信等在大陆设立办事处，并自即日起实施。不过，台湾航运界早在台湾当局正式开放之前就展开积极规划争取大陆航运市场及与大陆航运公司合作。大陆航运市场庞大，发展迅速，为台航运界看好，积极争取大陆市场的商机。
早在1992年，长荣集团就开始在大陆设点。到2002年初，长荣先后成立上海长荣集装箱货运公司（出资600万美元，持股60%），上海宝荣国际集装公司（出资800万美元，持股65%），宁波长胜货柜公司（出资1 241万美元，持股40%），青岛长荣集装箱储运公司（出资700万美元，持股40%），深圳运荣运输公司（出资170万美元，持股55%），深圳和记内陆集装箱仓储公司（出资550万美元）。1999年7月，长荣集团属下的巴拿马永华投资公司与中外运集团属下的深圳中外运储运有限公司共同投资成立的深圳运荣运输有限公司，在深圳黄岗兴建的大型集装箱堆场正式开业。另外，长荣和立荣公司在上海、中山、深圳、珠海、厦门、福州、宁波、南京、广州、青岛、大连、天津、北京等设有20多个营运据点。
阳明海运通过香港的阳凯航运子公司在上海、青岛、天津、厦门、中山、东莞、深圳、广州、顺德、汕头、珠海、江门和澳门等城市设有办事处。该公司承揽的大陆货运量每年以20%的速度增长，与中远集团有密切合作关系。以近远洋航运为主的万海航运公司，通过新加坡子公司在深圳、广州、福州、厦门、天津及上海等城市设有办事处。
2002年初，中远集团也经台湾当局特批，以香港公司的名义，在台设立分支机构即中国远洋企业公司，并持股85%的股权。这是大陆第一家航运公司在台投资，也预示着两岸航运界双向合作时代的逐渐到来。
