风险的产生
货运代理在业务经营过程中会面临很多风险，其中有托运人、代理人、独立经营人的概念模糊，造成身份错，超越代理权限产生的风险；有未尽职责操作失误造成的索赔风险和轻信承诺导致受骗产生的风险；也有拖欠运费造成的坏帐风险。
货运代理人在作为代理身份时，一定要谨慎履行合理的职责，这是对货运人代理人最基本的要求。然而在实践中，货运代理企业往往疏于管理，马虎大意未能尽到合理的义务，因自身的过错而给托运人造成损失，实际上也是给自己造成了损失。
操作风险
主要有：
选择承运人不当；
选择集装箱不当；
未能及时搜集、掌握相关信息并采取有效措施；
对特别货物未尽特殊义务；
工作不认真，操作失误；
遗失单据；
单据缮制等。
这些行为有可能给客户带来损失导致索赔风险。
信用欺诈
目前，很多货运代理人为了承揽生意，吸引货主，往往采取垫付运费及其他相关费用的方式，而这一点恰恰被个别货主钻了空子。个别货主往往在前几票业务中积极付费，表现出具有良好信誉的假象，在获取货运代理人的信任后，在随后的某一大票业务中由货运代理人垫付巨额费用后，人去楼空。
货主为了逃避海关监管，可能会虚报、假报进出口货物的品名以及数量，当货运代理人(包括报关行)代其报关后，经海关查验申报品名、数量与实际不符时，货运代理人可能首当其冲遭受海关的调查和处罚。
在集装箱运输方式下，由于货物不便查验，货主可能会实际出运低价值的货物，而去申报高价值的货物，并与收货人串通(或者收货人就是该货主或其关联企业)伪造出具假发票、假信用证、假合同，当货物到达目的地，通过各种手段骗取无单发货后，发货人凭正本提单向货运代理人索要高于出运货物实际价值的赔偿。
