民营物流企业逐步完成原始积累之后，在发展战略、管理体制等方面已不能适应企业规模的扩张与发展，难以继续高速增长。目前遭遇的难题具体表现在以下八个方面：
一是税收方面的问题。把物流环节集成整合、一体化运作，是物流企业的基本模式和优势所在，提高了物流效率，节约了社会资源。但记者采访发现，目前的税务设计，对运输和其他物流业务实行不同的税率和增值税抵扣政策，不仅不利于物流企业的一体化运作，而且会造成企业在实际操作中人为调节运输收入和其他物流服务的收入比例。
随着专营物流业的“物业”公司快速发展，更多的物流企业采取了租赁仓库的做法，但租用仓库的租金成本却不能在营业额中扣除。按照目前税法的规定，盈利要缴纳所得税，而亏损只能由企业自身承担。就集团型企业来说，无疑增加了税务负担。此外，我国缺乏与物流外包形式相对应的物流专用发票，外包业务发生的代垫费用无法在营业税中抵扣，造成物流企业普遍性的不合理重复纳税现象。
二是交通方面的问题。我国部分城市的物流企业送货车辆进城配送需要货车《通行证》，通行证发放和货运车辆进城没有统一明确的标准，从正规渠道远远无法满足需要。同时，高速公路通行费及过路过桥费收费标准仍然偏高。
三是分支机构设立难。一些地方规定，物流企业设立分支机构要在当地找“挂靠单位”，强行要求进入指定经营地点，硬性规定车辆台数，不分企业状况交纳押金等。许多地方出于地方利益考虑，要求物流连锁经营单位在当地重新登记注册，不允许注册非独立核算的分支机构，严重制约了全国性物流企业的集团化与规模化进程。
四是中小物流企业融资难问题。民营物流企业体制灵活，发展较快，自有资金远远不能满足企业发展的需要，又缺乏相应的抵押物，融资难问题十分突出，部分民营物流企业通过民间借贷等非正规渠道融资，造成了企业经营的风险及国家金融秩序的混乱。同时，物流企业与货主之间的应收账款拖期问题也比较严重，造成物流企业资金周转困难，加大了经营成本与风险。
五是货物的安全和保险问题。据了解，仅宅急送总公司每年在航空公司丢失的货物价值就在100万元以上。但根据目前规定，铁路和航空部门最高仅按每公斤数元到20元的价格赔偿，也常常不在保险公司标准承保范围之内，物流企业不堪重负。
六是缺乏统一的格式合同。物流作为新兴行业，尚没有行业专属的标准格式合同和统一专用发票。背书的标准交易条款是物流公司单方自行制定的，得不到法律的承认与保护。货运单据的不统一，也造成了企业信息管理的困难和行业内部信息的交换障碍。
七是关于物流设施建设的配套问题。目前消防管理部门对仓储消防标准的规定不符合现代物流的管理特性，如库房每3000平方米就必须建造消防隔断、自动喷淋设施，造成成本过高、在北方寒冷地区冬季不适用等问题。部分没有纳入统一规划、但已经自发形成的运输集散地的物流场站面临拆除和清理，对民营物流企业影响很大。
八是物流企业职工技能培训以及社会养老和保险问题。据记者了解，尽管目前已有物流师和采购师等证书资格培训，但企业大量需要的技能型人才缺乏有效的培训体系与机制。现行社会保险政策与民营物流企业的经营管理特点也有一定差距，农民工社会保险存在投保地与居住地不一致的问题，农民工无法享受部分社会保障，而企业由于社保的投入用工成本却大大增加。
