福建检验检疫局辖区的特殊开放区域包括福州保税区、福州出口加工区、福州保税港区、泉州出口加工区等4个海关特殊监管区，晋江、龙岩、三明、武夷山等4个陆地港以及平潭综合实验区。福建检验检疫局主动创新，精准施策，服务辖区特殊开放区域，今年以来共受理报检进出口货物7831批，货值7.32亿美元，分别同比增长25.5%和63.3%。
大胆改革，进一步提升通关速度。福建检验检疫局在福州、平潭特殊开放区域推出“源头管理、口岸验放”快速放行模式、对中国-东盟水产品交易所进境水产品采取“统一申报、集中查验、分批核放”模式等一系列个性化的改革创新举措。创新实施“分线管理+验证整改+事后监管”的进口汽车检验监管模式，和推进采信第三方检测结果工作，落实“整改车配件备案”制度，全面推进微信预约检验检测服务，对检验合格车辆相关单证实现零等待发放，实现江阴汽车整车进口数量爆发增长，共检验放行进口汽车4576辆、2.05亿美元，同比分别增长92.75%、1.39倍。
简政放权，进一步提升办事效率。福建检验检疫局在全国系统率先试点实施了检验检疫“多证合一”改革，通过对各项企业资质登记准入业务工作全流程的整合优化，简化办事环节、减轻企业负担、提高行政效率。今年3月8日启动改革试点以来至6月底，该局已向辖区103家企业发放了新证，可直接为企业减免费用达10万元。推进第三方采信，探索对台检验检测认证结果采信，在平潭试点开展采信进口台湾产品认证结果和检验检测结果，1-6月该局累计采信461批次、货值513.9万美元。
主动作为，进一步提升服务能力。福建检验检疫局参与福建省国际贸易“单一窗口”一期完善、二期建设，主动建言根据联合国贸易便利委员会标准，参照新加坡模式，建设符合国际标准的“单一窗口”，将口岸管理部门“三互”业务和新兴业态业务通过“单一窗口”实现，推动省政府将其他口岸管理单位纳入“单一窗口”，主动将包括检验检疫电子闸口系统、跨境电商检验检疫监管系统在内的19个业务系统依托平台运行或交换链接，推动福建省“单一窗口”建成为全国为数不多的、特色较明显的省域“单一窗口”。
优化监管，进一步降低企业成本。福建检验检疫局对自贸试验区内海关特殊监管区的“一日游”入境的国内流转货物，优化检验检疫业务流程，对提供有效的国内生产来源证明等随附证明材料的，不再对其进行查验，免收检验检疫费用，降低企业成本，加快通关速度。率先在平潭实施进境非贸易性海运快件“免于检验、严格检疫”和负面清单管理的检验检疫监管模式，降低两岸快件运输成本40%。
