阿斯塔纳航空公司俄罗斯航空当局要求阿斯塔纳航空公司为三条阿斯塔纳-乌兰巴托航线支付过境费（航线飞经领空不超过300公里，15分钟飞行时间），“问题不仅在于支付过境费，还在于俄罗斯当局试图设置不合理的运输权利，因此，两国航空当局商定的定期航班权利很大一部分还没有履行”。
阿斯塔纳航空公司解释说，根据俄罗斯和哈萨克斯坦之间的国际航空协议，两国指定航空公司前往第三国的直飞航线可以不受限制地飞越两国领空。俄罗斯航空公司每周有600多趟航线飞经哈萨克斯坦领空，哈萨克斯坦方面没有提出任何条件。“但俄罗斯航空署在向俄罗斯航空公司提供跨境权时试图扩大权利，要求支付对俄罗斯航空公司有利的过境费。为了向哈萨克斯坦公司施压，俄罗斯航空署宣布阿斯塔纳至乌兰巴托区域航线属于连接欧亚的跨西伯利亚长途航线。但看看地图就能发现，这300公里是亚洲到亚洲，而没有经过西伯利亚航线。
“很遗憾的是，俄罗斯航空署自己破坏了两国国际协议，罔视国际民用航空组织对于阿斯塔纳-乌兰巴托航线不属于跨西伯利亚航线的认定。我们不理解，哈萨克斯坦航空公司需要为飞经300公里区域航线而向俄罗斯航空公司支付过境费的理由是什么？”“阿斯塔纳航空公司是国家控股，公司不能毫无理由地付款，尤其是付给竞争对手”，“问题是在客运需求减少、本币贬值和俄罗斯航空公司在俄罗斯地位不断强化的背景下，俄罗斯航空署提出非法和不对等要求，包括允许第二家俄罗斯航空公司执飞莫斯科-阿斯塔纳和莫斯科-阿拉木图航线”。
阿斯塔纳航空表示，希望在俄罗斯政府的参与下解决这一问题，“哈萨克斯坦和俄罗斯是数百年高度相互尊重和信任的友好国家的榜样，阿斯塔纳和乌兰巴托之间每周三趟的航线既不会影响俄罗斯航空公司，也不会影响俄罗斯经济。我们希望，俄罗斯政府阻止俄罗斯航空署的这种非法要求”。
