由“航权协调费”引发的涉嫌贿赂案，将南方航空推上了舆论的风口浪尖。据媒体此前报道，国家审计署在对南航的财务审计中，发现了多笔以航权协调费名义支出的费用，并由此揭开了隐藏在其背后的权钱交易的黑幕，民航反腐风暴由此拉开。
而在2005年，也是审计署在对南航前任领导的离任审计中发现公司存在违规挪用庞大资金委托理财造成巨额亏损，最后结果，公司财务部长陈利军因挪用12亿元被判处死缓，集团副总经理彭安发领刑5年。这一案件让南航一度元气大伤，一蹶不振，历经多年才缓过神来。此次再度陷入丑闻，是否会牵连到公司的高层领导，此事令一些机构投资者感到不安。
6月30日，南方航空召开2009年年度股东大会。在会议的中场休息期间，记者就该案采访了公司董事长司献民。
司献民向记者证实：关于“航权协调费”案，南航涉案被带走的人员到目前为止总共9人，基本都是中层以下，其中包括前任总工程师张和平，重庆公司总裁周英里，公司主要负责航线时刻布局的一个部门总经理和副总，还有其它一些营销方面的管理人员，没有高层涉案，因为严格意义上讲，张和平还是南航集团公司管理的干部，不是国资委任命的干部。
6月12日，南方航空发布公告称，公司董事会6月11日审议通过免去张和平公司总工程师的职务。据南航内部人士向记者透露，张和平被调查与2009年11月底爆发的民航包机案有关，南航此次接受调查的多位主管涉嫌借助日美航空旅游包机有限公司总经理庞汉章，通过行贿以包机形式拿到相关航线经营权，范围不限北京市场。此次陷入丑闻，是否会牵连到更多的高层领导，颇令一些机构投资者感到不安。
司献民说，目前南方航空的一切经营正常，“调结构、推转型、促改革、上水平”的发展战略在稳步推进中，他相信航权协调费案件不会对公司的正常经营秩序和未来发展战略造成较大的负面影响。南方航空目前在经营规模上占有一定的优势，下一步主要考虑不是如何做大，而是如何做强，关键点在于如何提高盈利能力和可持续发展的水平。十二五期间南方航空将会主动放慢扩张速度，可能会低于行业平均水平。
此前有媒体报道“航权协调费”涉案金额巨大。当记者问到具体金额时，司献民解释：具体金额以审计署的数据为准，少数媒体不经核实的主观臆测是一种不负责任的行为。
作为一家央企，南航为何还向一家名不见经传的小民企送钱？当记者表示难以理解这一举动时，司献民称，一个好的时刻好的航线能给公司带来比较好的收益。近几年中国的航空业发展速度迅猛，尤其是北京、上海、广州三大市场基本出现饱和状态，航权资源作为一种特殊的资源，成为民航高速发展过程中的瓶颈。为了争夺有限的航权资源，各家公司八仙过海，各显神通，而这种时刻航线分配的不透明不公平迫使参与竞争的企业屈服于行业潜规则，游走于灰色地带。如果从正常途径，南航往往得到的份额不足，只能曲线寻求突破，从而滋生了腐败。真正的解决之道，一是加快民航业发展的宏观研究，加快一些千万级机场的改建扩建，突破发展瓶颈；二是航权资源更加开放一些，营造一个更加公平合理的竞争环境；另外，公司从内部进一步挖潜，譬如目前南航进京的110班飞机中，如何合理配置，实现效益最大化，还是有文章可做。
一位航空界的资深人士对此分析，航空时刻和线路等航权资源的行政垄断与航空公司运营市场化运作之间无法调和的矛盾是导致该案件发生的主要原因。高度垄断的行政审批制度铸造了一个巨大的“权力黑洞”。由于缺乏有效的监督机制，时刻资源逐渐演变成明码标价的交易品，航空公司迫于无奈，只有为此不合法不合规的费用铤而走险。有充分理由相信，不仅仅只是南航，其它的航空公司多少也会存在这方面的灰色支出，只不过巧立不同的名目入账而已。因此，解决问题的关键在于改革航线航班审批制度，让其更加公开透明，主动接受来自各方面的监督。因为，阳光才是最好的防腐剂。
