据星岛日报报导，香港曾是全球货柜处理量最多港口，但近年已退居第五位。恒生管理学院一项最新研究更警告，国家正研究逐步开放沿海运输权，对香港货柜运输业将带来沉重打击，估计最严峻将损失珠三角地区以外所有的转口货运量；以去年的吞吐量计算，损失可高达二百四十万箱，即减少一成四，足令香港港口排名被挤出十大之列，并丧失枢纽港地位。学者建议香港物流业加速转型，增加处理进口货物的平台。
根据《中华人民共和国海商法》(《海商法》)规定，只有悬挂中华人民共和国国旗的货轮，才可在内地港口之间进行海上运输，例如美国货船从上海装载的货柜箱，便不可以在深圳卸下。不过，香港在一国两制下一直不受《海商法》中有关沿海运输权规定的约束，外国货轮可以从内地港口承运至香港，然后再转运返内地枢纽港，是有利香港巩固作为转口港的地方。
不过，香港恒生管理学院供应链及资讯管理学系发表《放宽沿海运输权及珠三角地区对香港海运物流业之影响》的研究报告，勾划行业面临的挑战，警告若国家全面开放沿海运输权，对香港货柜运输业将带来沉重打击；在最严峻的情况下，香港将损失珠三角地区以外所有转口货运量。
该学系助理教授巫耀荣表示，自中央政府一三年以上海为试点，推出自由贸易区试验区，已于自贸区内逐步放宽沿海运输权限制，让中资非五星旗货轮亦可从事沿海捎带业务，青岛、宁波和广州等沿海港口亦积极游说放宽运输权予外国货轮，广东南沙自贸区最新亦申请放宽沿海运输权，并推出措施吸引和促进货柜转运业务。
学系系主任黄惠虹补充，面对内地城市的威胁，近年香港货柜吞吐量已持续下跌，港口全球排名近年也勉强排在第五位；若国家进一步放宽沿海运输权，以去年的吞吐量计算，损失可达二百四十万箱，或全部货量的一成四，码头工失业及业内公司倒闭将无可避免，进而打整个社会经济，“这会直接令香港跌至第八位，排在青岛之后，但不要忘记，现时跟香港排名相若的青岛、广东也会受惠于沿海运输权，货运量会上升，因此，此消彼长下，可见将来香港很容易跌出十大。”
面对种种可能出现的负面影响，报告建议港区人大代表、港府及业界人士向中央政府及有关部门陈述当中的深远影响及利弊，希望北京当局再检视国家沿海运输权的政策，以确保香港以至沿海城市稳健持续发展。
报告亦特别指出，随着内地近年出口相对放缓，令香港处理出口份额渐渐减少，反而进口货物愈来愈多，香港物流业应加速转型，作为货物未来进入中国的主要通道。
黄惠虹说，两者在物流配套分别很大，处理从内地厂房运往欧美的出口货，往往是“大箱”运往外地才分销，不用太考虑时间性的问题；相反，从外地送经香港的货物种类很广，抵港后往往要“拆货”再“夹货”后运往内地，“内地城市每季对不同货物的喜好也可以不同，因此要处理得较快，船运业或需要放弃以往的做法，提供较灵活的物流运输配套，对业界来说将是一大挑战。”
她又坦言，香港作为一个枢纽港，货物可以前往全球四百七十个港口，保持有关优势相当重要，“从民生角度来讲，也是十分重要，因现时香港作为枢纽港，不同种类货物才会途经香港，让市民可以购买的货品多元化；若香港失去这个角色，大部分货物可能会先进入内地港口，届时可能连买一只香蕉也会贵很多。”
