2000年以后，高雄港陆续受到釜山港、上海、深圳、鹿特丹和迪拜等港的赶超，2005年高雄港吞吐量14年来首次出现负增长。近几年高雄港吞吐量之所以还能出现小幅增长主要是依靠港口服务费免除等优惠政策的支持。高雄港吞吐量年均增长率从20世纪90年代的7.8%下降到2000-2007年的4.7%。

　　通常，国际航运公司选择航线营运和挂靠港时会综合考虑货源、操作成本和营运限制的多寡这三个因素。首先，高雄港作为自由贸易港区，背靠台湾南部出口加工区；其次，高雄港发展起步较早，目前软硬件设施先进，港口服务费用也较低；唯一或缺的就是两岸直航的政策放宽。1997年高雄港与福州和厦门港“试点直航”后，每年能为高雄港带来约200万TEU的吞吐量。

　　两岸直航后，包括长荣、万海和阳明在内的台湾本土航运企业筹划将转运中心迁回高雄。招商局集团将与阳明携手，双方采取入股方式，互相投资码头。招商局集团预计，入股阳明高雄港洲际货柜中心，可望持股40%以下，阳明也将与招商局集团合作拟投资深圳和宁波码头。凭借高雄港地处台湾海峡和巴士海峡要冲，及“转运及自由贸易港区”的正确定位，过去航商在华北和华中中转的转口货，将运到高雄港再转往欧美，一年至少新增35万TEU，航商一年可节约3500万美元成本，也可使高雄港重返全球前十大港。

　　基隆港——“加值型物流和客运港”

　　曾是全球二十大集装箱港口之一的基隆港，经历着与高雄港一样的起起落落。可以说基隆港的下行趋势更让人“惊心动魄”，1994年曾位居全球第11名，2002年下滑至全球第28名，2007年更是跌至全球第50名。基隆港90年代吞吐量年均增长率仅为0.5%，2000-2007年均增长1.8%。

　　基隆港背靠基隆和台北市两大经济腹地，台北市更是台湾制造业的聚集地，因此基隆港的定位一直是外贸港。20世纪90年代，基隆港由于港口用地紧邻市区和山区，造成港口陆域扩建困难，素有“鸡笼港”之讥。加之港区吃水浅无法停靠巨轮、扩建计划搁浅、经济不景气、需求疲软、制造业迁移等因素，基隆港竞争力一落千丈。

　　1997年高雄港与福州和厦门港“试点直航”后，由于货物经高雄港转运第三地可不通关、不入境，更是吸引了大陆货物到高雄港转运而疏远了基隆港，刺激了基隆港的转型思考。2002年基隆港务当局正式开放港区观光，让游客可以搭船游览基隆风光。目前，基隆港已经成为世界邮轮旅游亚洲地区的重要站点。

　　2006年台湾关税总收入中，基隆港占到了60.54%，足见基隆港在台湾经济中的地位。然而这也为基隆港今后的发展埋下了一丝隐患。直航后基隆港定位于“加值型物流和客运港”，但受台湾经济发展的局限和高雄、台中港对货源的竞争，两岸直航对基隆港未来发展的影响有限。我们不妨看看高雄、基隆和台中三港的一个对比：目前台湾的出口加工区主要集中在中部和南部。此外高雄、基隆和台中港虽都设为自由贸易港区，但竞争力有明显的差异，基隆港自由贸易港区面积仅有71.16公顷，高雄港为415.41公顷，台中港为536公顷；由于与台北大都市圈毗邻，在地租、厂房租金和管理费方面基隆港也偏高；目前入驻企业数量也不如其他两港区。业界人士普遍认为，未来基隆港可能预见的主要功能定位将是邮轮客运业。

　　为了适应新一代万箱船挂靠的需要，基隆港目前正在东港区进行一项疏浚工程，计划把进港航道浚深到-15.5米，同时还在进行大规模的疏港公路和其他基础设施建设项目。两岸直航以后，基隆港在世界百大集装箱港中的排名有望大幅度提升。

　　台中港——“双能港”

　　台中港位于台湾西部，与福建省隔海相望。当初兴建时旨在减轻高雄与基隆港的货运压力，但其发展一直不尽人意，甚至一度被称为台湾“最失败的港口”。2005年台中港被确定设立自由贸易港区，功能定位为转运加工再出口，其发展才初见成效。2007年台中自由港进出口货物量近62万吨，进出口总贸易额约135.7亿台币，位列台湾四大自由贸易港区之冠(台中、高雄、基隆、台北)。2008年更是在一片漆黑中闪出一抹亮光，2008年1－10月，进出口总贸易额高达456亿台币，为2007年全年贸易额的三倍多。2008年，台中港集装箱吞吐量止跌回升，恢复到2004年的水平，达124.8万TEU，但在世界排名则从2004年的第67位下跌到2007年的第83位。两岸直航以后，台中港在世界百大集装箱港排行榜有望收复失地。

　　台中港的腹地是高雄港的1.9倍，基隆港的7倍。台中港距厦门港的距离也只有136海里，是到香港的三分之一，是与大陆直航后路径最短的港口。加之便利的交通集疏运优势，被称为最适宜两岸直航的台湾港口。

　　油品分装加工和水果生鲜运销作为台中港的两大强项，结合自由贸易港区，直航后的台中港必能不负众望，发展成为兼容“大陆果品供给”和“油品加工转运”的双能港。

　　重新打造

　　“亚太营运中心” 

　　“两岸三通”对台湾港口的影响不尽相同，以高雄和台中港获益最大，而对基隆港的影响有限。此外其他开放的8个港口包括花莲、苏澳、布袋和麦寮等，由于地理位置和港口发展定位不同，两岸直航后对其影响大小不一。如花莲港除了其“观光休憩港”定位以外，凭借其吞吐能力的充足，以及在散货上的旺盛需求，必将受益于两岸直航。总的来说，台湾港口业的重新崛起将不再是遥不可期。

　　至此政策的大门已经敞开，台湾港口业如能抓住这一契机，积极加强港口码头软件功能建设、提高转运和出口加工效率、放宽政策优惠例如降低转船费，吸引更多的转口贸易，就有望远离边缘化趋势，重新打造“亚太营运中心”。