一九九七年的七月一日，香港回归祖国，原“九龙海关”随即更名 “深圳海关”。十年之中，启用新关名的深圳海关，目睹了深圳河两岸香港、深圳两个城市间不断加强的合作，车流人流物流和两地年贸易额成倍的增长，也通过优化通关措施频出，助推着深港经贸的快速发展。
深圳海关关长邹志武表示，随着香港的回归、中国加入WTO以及CEPA的实施，深港区域经济的发展对深圳口岸的通关环境提出了新的更高的要求。为此，深圳海关大胆创新监管模式，进行通关作业改革，推进通关便利化。
早在一九九四年深圳海关就在皇岗口岸启动了货运渠道二十四小时通关。二00三年一月，皇岗口岸旅检通道开始实行二十四小时通关。至此，皇岗口岸成为全国唯一货运、旅检二十四小时通关的陆路口岸，深港两地由此实现了全方位的“无缝隙”通关，两地物流人流更加便利。在前不久香港的一次民意调查中，二十四小时通关成为香港回归以来的重大事件，得到了香港民众的广泛认同。
目前，深圳海关在皇岗、文锦渡、沙头角三个公路口岸，全面实施通道自动核放系统，把原来车辆通过海关通道需时二分钟缩短为五秒钟，验放速度提高了近二十倍，一举解决了公路口岸通道堵塞的问题。
香港回归后，深圳海关与香港海关开展了多方面的跨境快速通关合作，两地货物通关效率得到迅速提高。特别是CEPA实施以来，运输渠道便捷使深圳口岸成为零关税货物内地主要转关进口地。
深港两地海关通过多次沟通，大胆开展跨境物流通关改革，先后建立起跨境空港物流快线和深港物流绿色通道，实现深港两地机场空运货物通关及香港货运码头到深圳华南国际物流中心的无缝连接，促进了深港两地乃至珠三角地区物流经济发展，为建立粤港跨境快速通关模式提供了成功的范例。同时，两地海关积极落实行政互助，在公路口岸全面启用统一版《内地／香港陆路进出境载货清单》、使用绿色关锁进行查验结果互认等措施，有效地推动了香港与内地间的贸易便利化。
深港海关的跨境合作推动了两地人流物流的大幅增长。统计显示，香港回归十周年来，深圳口岸进出口货物总值由一九九七年的五百亿美元跃升至二00六二千九百多亿美元，；日均监管出入境人员由当年的二十一万人次增至现在的四十七万人次；深圳关区加工贸易进出口总值由当年的二百九十七亿美元，增至二00六年的八百多亿美元。
