在海关总署大力支持和关党组的直接领导下，深圳海关经过全关科技人员的努力拼搏和各业务部门的密切配合，信息化建设取得了长足进步，以H2000全面推广为标志的科技应用取得明显成效，科技信息应用渗透到海关各个领域、各个部门，海关业务基础建设进一步加强，并基本建成了以信息技术应用为主、各种检查技术为辅的科技应用体系，适应了海关改革与发展的需要。
据介绍，深圳海关与深圳市有关部门联合组成“深圳市IT企业联网工作领导小组”，统一规划并组织实施加工贸易联网监管工作，2001年1月12日在富士康集团试点运行。该系统是一个多部门、跨平台并集计算机技术、网络技术、通信技术及电子技术为一体的大型系统工程。运行以来，取得显著成效，得到了海关总署、省市领导和企业的高度评价。该系统于2002年9月28日通过省级科技成果鉴定，并荣获2003年广东省、深圳市科技进步一等奖。
近年来，随着深圳三个公路口岸进出境车辆的不断增多，海关监管任务日益繁重，有限的人力监管资源与迅猛增长的通关业务量之间的矛盾日渐突出。为有效地缓解这一矛盾，深圳海关依托先进科技手段，开发了公路口岸通道自动核放系统。该系统于2002年11月4日率先在皇岗口岸进出境空车通道实施，随后，推广至进出境客运车辆、转关车辆。自动核放系统启用后，车辆通过海关电子通道的时间仅需4－5秒，比以前需1－2分多钟的时间大为缩短，有效舒缓了通道车流压力，口岸通道整体效益提高60％以上。该项目于2004年度荣获海关优秀科技项目一等奖、深圳市科技进步二等奖。
为在提高海关通关效率的同时确保实现有效监管，深圳海关2001年开发了深圳海关分析管理系统，2002年1月投入使用。2004年，按照总署统一部署，安装使用了全国海关风险分析管理系统。2004年，全关业务部门应用风险分析管理系统查获案件1255宗，案值4.56亿元人民币，涉税5415.7万元。
