自2007年1月1日起，佛山检验检疫局对出境货物检验检疫通关流程做出调整，实行直通式电子报检，以进一步减少环节，提高通关速度，方便出口企业。
直通式电子报检，是指报检企业将报检数据发送至检验检疫机构后直接产生正式的报检号，根据回执信息提示直接与施检部门联系检验检疫事宜，同时将报检单及随附单证直接交予施检部门审核的报检方式。有关企业人员表示，直通式电子报检和“直通式”通关进一步简化了有关报检手续和环节，出口企业将不需再多次奔走于公司与检验检疫各部门之间，大大提高了通关效率，使企业出口更加便利。
另外，自2006年11月30日起，佛山的出口企业可以直接凭佛山检验检疫局签发的“出境货物通关单”直接在广东局辖区范围内的各海关通关，至今共有2815批货物直接凭这类通关单通关，相关受惠企业达200家。
