林祖嘉认为，福建要建海峡西岸经济区，引入这一波的台商投资非常重要。据他观察，台商最初投资祖国大陆时，福建、厦门由于地理、语言、习俗等与台湾相近，成为他们的第一选择。但现在福建却成为广东、江苏之后的第三大台商投资地。
不过，林祖嘉认为，福建提出建设海峡西岸经济区，要扩大台商投资还来得及。关键要走好这几步：一是厦门要争取成为两岸直飞的航点，让福建与台湾地区距离最近的优势发挥得更加明显；二是采取更开放的政策，这其中除了税收外，更重要的是要有某些独有政策。如在福建可实现台币与人民币直接兑换等，为台商资金往来提供方便。
林祖嘉也坦承，厦门对台优势更为明显，吸引台商的潜力仍很大。虽然腹地较小，但厦门可当作福建的枢纽，吸引一部分台商以厦门为根据地向福建乃至整个祖国大陆发展。同时厦门有其区位优势，可作为台商人员货物往来两岸的转运站，成为一个区域性营运中心。
