2.海事行政执法实体原因
(1)具体行政行为认定事实不清、证据不足。海事行政机关在主要事实尚未查清，缺少必要的证据以前就作出了具体行政行为。
(2)行政决定缺乏事实根据。海事行政机关作出具体行政行为，必须以事实为根据。不能作出无事实根据或证据缺乏的行政行为。
(3)缺乏证据意识。证据缺乏或收集的证据缺乏合法性，导致被动应对相对人的海事行政诉讼。例如某小船因遭遇风灾沉没、人员失踪，诉某海事处未履行法定搜救职责案。虽然涉嫌滥用诉权，但是，因为职能部门没有当时的气象数据、具体搜救行动证据，造成了应诉的困难。
(4)处理事项定性错误。定性错误将导致该具体行政行为不合法。
(5)超越职权。海事行政机关超出法定范围行使权利，就构成违法行政行为。
(6)违反法定程序。作出具体行政行为时违反了法律、法规规定的程序，导致程序不合法。
(7)适用法律、法规和规章的错误。作出具体行政行为时错误地适用了法律法规，也导致其败诉。
(8)不履行法定职责。“不作为”的违法行为一旦成立，将被法院判决限期履行或确认违法而败诉。
(9)海事行政处理显失公正。如果自由裁量权运用不合理或不适当已经达到显失公正的程度，就属于违法的行政行为。
确保海事行政机关在行政诉讼中胜诉的对策
1.提高海事行政机关依法行政的自觉性
必须从依法治国方略的高度，进一步提高对依法行政重要性的认识，确保海事行政执法的合法性。要加强对行政执法人员的监督、管理和教育，提高全体执法人员依法行政的自觉性。
2.提高行政执法人员的依法行政能力
海事行政机关要有计划地组织行政执法人员学习政治理论、行政诉讼法、海事行政处罚法以及相关的法律法规，学习实施具体海事行政行为的操作程序，通过对典型案例的研讨，提高依法行政能力。
3.建立健全机关首长依法行政第一责任人制度和监督制约机制
建立健全行政执法责任制和违法行政追究和考核制度；坚持民主集中制原则，重大案件处理要经集体讨论；要严格执行行政执法督查制度、行政执法投诉制度、行政执法调查督查制度、罚款与收缴罚款相分离制度、行政执法人员资格认定制度等等，从制度上保证依法行政。
4.建立健全专门的执法机构，调整充实执法人员
应设立专门处理具体行政行为和应对诉讼的执法机构。建议充实法律专业人才，相对稳定人员构成，以提高执法队伍的整体素质。
5.加强执法督查，重视行政复议
海事行政机关的法规主管部门，对执法人员实施的具体行政行为要事先审查，事后进行监督检查，发现错误及时纠正。对下级海事行政机关作出的具体行政行为要定期督查。重视行政复议工作，确保复议质量。
6.进一步加强立法工作
完善法律规范也是确保海事行政机关在行政诉讼中胜诉的必要条件。
