从2006年1月1日起,报关业者受委托办理台湾自由贸易港区报关业务者,可向海关申办跨关区报关。适用跨关区报关之报单类别及范围为:F1报单(外货进储自由港区)、F3报单(自由港区区内事业间之交易)、F4报单(自由港区与他自由港区、课税区间之交易-限货物输出人及买方均为自由港区事业者)、F5报单(自由港区货物出口-限货物输出人为自由港区事业者)及T3转运申请书。
跨关区报关系台湾关税方面为因应国际贸易环境的快速变化,加速自由贸易港区货物通关效率,所研拟的一项新措施。