我国港口集装箱运输起步于上世纪七十年代中期，经历了比较漫长的起步和培育阶段，到1990年全国港口集装箱吞吐量仅为156万标箱，平均每年增长不到10万标箱。进入九十年代，随着我国改革开放步伐的加快，国际贸易领域和规模不断扩大，我国集装箱港口进入了布局调整和快速发展阶段，2000年集装箱吞吐量实现2340万标箱，平均每年增长超过200万标箱。
进入新世纪，随着经济、贸易和技术全球化步伐的加快，在我国经济贸易快速发展、产业结构调整、集装箱化率提高三大动力的驱动下，集装箱运输显现了强劲的发展势头。2002年，我国大陆港口集装箱吞吐量实现3721万 标箱，位居世界第一。到2006年实现9361万标箱，2007年跨越1亿标箱，高居世界第一，平均每年增长超过1100万标箱，取得的成绩举世瞩目。
展望未来，我国集装箱运输在近期内仍将保持较高的发展速度。但随着我国宏观经济政策和产业结构的调整，以及集装箱运输市场的进一步成熟，适箱货源的增长将有所降低，港口集装箱吞吐量增长速度将有所减缓。
我国集装箱港口发展机遇与挑战并存，任重而道远。根据国际集装箱运输发展态势、我国的发展需求以及目前的重要问题，我国集装箱港口的发展方向主要包括如下六个方面：
优化配置港口资源 积极调整港口结构
船舶大型化和运输规模的扩大不断促进世界集装箱运输航线和港口结构的调整，港口集装箱吞吐量也不可能长期保持高位增长。因此要进一步要加强对集装箱运输和港口发展规律的认识，统筹做好港口资源的优化配置和结构调整，认清港口在未来运输格局中的地位和作用，加强区域间及港口间的协作和合作，从规模速度型向质量效益型发展，避免盲目追求贪大求洋和恶性竞争。
大力推进海铁集装箱多式联运
在我国沿海大型集装箱港口的集疏运系统中，铁路承担的份额平均不足1%，对港口的运行效率和规模的进一步扩张造成严重制约。随着铁路能力的提高和铁路集装箱的发展，积极推进铁海联运不仅是进一步发展集装箱港口的重大举措，也是铁路集装箱发展的必然需求。要加快解决铁海联运的运输组织、单证信息、基础设施和口岸环境等问题，加强港口与铁路合作，促进综合运输体系的协调发展。
充分利用内河航运资源发展集装箱运输
内河航运具有资源节约和环境友好的比较优势，但却是我国水运行业现代化建设的薄弱环节，发展潜力巨大。今后要在有条件或可以创造条件的地区优先发展内河集装箱运输，充分利用内河航道建立大型港口的集疏运通道网络。特别是长江干线、长江三角洲、大运河、珠江干线、珠江三角洲地区具有得天独厚的内河航运条件。要积极采取各种鼓励政策措施，率先实现内河集装箱港口和运输的现代化。
积极发展水路内贸集装箱运输
我国具有十分优越的沿海和内河运输条件，水路内贸集装箱运输发展前景十分广阔，内贸集装箱港口吞吐量已从1998年的60万标箱增长到2006年的近2000万标箱。今后要充分利用沿海与内河运输通道，加强与铁路内贸集装箱运输的多式联运，促进内贸航线与外贸支线的一体化，规范内贸运输市场，加强内贸集装箱运输的标准规范工作，不断健全和完善内贸集装箱运输体系。
强化自主创新 加快技术创新
当前科技发展日新月异，加强自主创新，建设创新型国家，成为我国在新世纪社会经济发展的必然选择，也是交通行业发展的必然选择。今后要加快集装箱港口的技术创新步伐，不断开发新工艺、新装备、新系统，加快数字网络、无线射频、卫星定位、人工智能等技术应用与集成，提升港口建设、运营、管理的信息化和智能化水平。
坚持节约发展、清洁发展和安全发展
全面落实科学发展观，建设资源节约型和环境友好型交通行业，促进集装箱港口的全面协调和可持续发展是新时期的主要任务。今后要从结构上、技术上和管理上挖潜，抓紧抓好集装箱港口的节能减排工作。要全面贯彻安全发展的理念，加强供应链安全和港口保安工作，加强危险品运输的安全监管工作，加强事故应急反应体系建设工作。
