中共十六届三中全会首次提出了促进加工贸易转型升级的战略要求，党在“十一五”规划的建议又进一步提出，要“继续发展加工贸易，着重提高产业层次和加工深度，增强国内配套能力，促进国内产业升级”，该建议在十届全国人大第四次会议上获得批准并正式颁布，这是在科学研判20多年来我国加工贸易发展历程基础上做出的重大战略决策。
然而，部分现行政策制度滞后于加工贸易发展实践，加工贸易转型升级对现行制度提出了五项需求，亟待引起有关部门的重视：
一是要放宽加工贸易范围。监管部门对加工贸易的管理集中于对企业生产制造环节的关注，把有形物质监管、实质性加工、企业生产能力、出口成品与进口料件的数量对应关系作为开展加工贸易必不可少的关键条件，直接导致我国无法将技术含量高、增值收益大的研发设计、营销以及后续服务等环节纳入加工贸易业务范围，已严重不适应当前产业链环节外包化的加工贸易发展趋势，制约了加工贸易产业链的延伸，影响了加工贸易的转型升级。例如，目前在我国东南沿海地区已成领军之势的IT、IC产业，其产业链上游的集成电路设计和软件开发产业、下游的维修检测等业务需求旺盛，但现有限制性规定却断裂了上下游企业之间的关键链接，加工贸易也被压缩在狭窄的低收益空间。
二是要拓展保税区域功能。目前我国出现保税区、出口加工区、保税港区、保税物流中心（A型、B型）、保税物流园区等多种特殊监管区域（场所），均是应加工贸易生产、商务、物流等方面的需要而设立的，但任何一种单独区域（场所）的功能都是割裂的，市场主体不可能在一个区域（场所）中获得所需的整套服务，导致加工贸易生产加工与物流服务相脱节，研发、制造、营销环节相阻隔，同时造成企业操作手续繁琐、监管部门压力较大、社会资源浪费严重等一些负面现象。
三是要明确准入退出标准。制定产业指导目录，建立加工贸易准入退出机制，是引导转型升级的重要手段。我国现行政策并未对加工贸易的技术水平进行甄别，而是将简单工艺加工贸易和高附加值、高科技产品加工贸易不加区别地给予优惠，没有很好地体现国家的产业政策精神，不利于我国的加工贸易向延伸产业链、提高增值率和技术含量的方向发展。而有时因为一些政策目标，又简单采取“一刀切”的办法予以限制。但在同一产业内部，不同企业之间的生产环节、工艺技术、成品科技含量往往存在较大差异，对资源消耗、环境污染、贸易摩擦等指标有着不同的影响。例如，江苏苏州地区某纸业集团从国外进口纸浆，出口成品纸张；而耗能高、污染重、消耗森林资源多的制浆工序已在国外完成，对境内的资源、能源、环境压力并不大，产品增值率也比较高。但因造纸行业属于高能耗、高污染产业，自2006年1月1日起已不被允许从事加工贸易业务，结果技术先进的企业也被连坐而“一网打尽”。
四是要便利监管模式。在目前的监管模式中，商务、海关、国税、外汇管理等部门各自为政，分线管理，各个部门往往从本部门管理方便的角度出发，较多关注如何防止不法企业利用加工贸易政策走私、骗退税，对于如何鼓励加工贸易提高产业层次和加工深度，增强国内配套能力，促进国内产业升级，从而提高其对国民经济贡献这个根本的政策目标，却考虑得较少，对加工贸易转型升级的整体需求难以迅速有效地形成综合性的公共政策回应，导致行政效率损失。同时，该监管模式侧重于审批，如企业仅在海关就要办理备案、核销、补证、补税等诸多审批手续，再如深加工结转或外发加工还需逐票审批，繁冗的行政审批已不符合加工贸易转型升级对对物流时效和成本控制的要求。
五是要完善税收机制。就税收激励机制而言，缺乏从加工贸易转型升级角度考虑的技术性安排，如对研发中心的具体运作就缺乏实质性的激励措施。目前国家的出口退税制度存在对国产物料的征退税差（征17％，退13％），打击了加工贸易企业加大国内采购力度的积极性。就税收保全机制而言，原有的加工贸易保证金台帐制度侧重于对企业的海关信誉的引导，缺乏对加工贸易转型升级的政策引领功能。就部门间政策配套而言，目前海关对出口到加工区、保税区和保税物流中心的加工贸易货物都视同实际出口予以核销，但税务部门只认同出口加工区和保税物流中心予以退税，阻碍了加工贸易产业链向仓储、运输等国内相关产业环节的延伸，抑制了增值率的提升；而对于深加工结转业务，海关手册核销时视同实际出口，但税务部门则必须实际出口才予退税，客观上导致企业采取“香港一日游”等方式，牺牲物流成本换取出口退税，增值收益被无端空耗。
