外贸进口原油通过宁波港和舟山港的大型原油码头接卸，供应沿海、沿江炼厂以管道运输为主、水水中转为辅。宁波北仑、大榭、舟山岙山、册子等大型原油接卸码头除满足华东原油转运外，还成为国家战略石油储备基地的重要组成部分。南京港仍承担向长江中上游炼厂水水中转和水管(道)中转任务。
重中之重是能源码头
2010年长江三角洲港口集装箱吞吐量将达4800万TEU以上。届时，上海国际航运中心的集装箱运输体系将更加完善，以上海港为主的干线港地位突出，长江三角洲港口集装箱总体通过能力达5300万TEU以上。为此，规划中提出“重点建设上海洋山二、三、四期工程，外高桥五期、六期集装箱码头工程，改造张华浜、军工路、宝山等港区为内贸箱为主”。
同时，建设宁波港北仑四、五期工程，实施大榭、金塘、梅山等集装箱码头工程，改造北仑二期集装箱码头；建设苏州港太仓港区二、三期工程，通过改造提高一期工程的专业化水平；建设连云港港庙岭三期集装箱码头工程，起步建设大堤港区集装箱一期工程；建设南京龙潭四、六期，南通狼山一期和通海一、二期，镇江大港三、四期等支线港集装箱码头工程。
煤炭运输方面，预测到2010年海运来煤为2.2亿吨。面对如此巨大的运量，规划提出以电力企业自建大型专业化码头为主，根据需要建设煤炭转运基地。上海港在大型矿石码头建设同时，恢复罗泾现有煤炭码头的功能。浙江舟山六横岛建设电厂煤码头的同时扩大规模，为浙江省台州、镇海及其它企业转运煤炭。长江沿线改变南京、镇江、南通等公用码头条件，为煤炭运输提供公共化服务。
进口原油运输方面，预测2010年外贸进口原油6500万吨以上。所以，规划重点扩建宁波、舟山25万吨级以上原油泊位。宁波大榭岛、舟山岙山、册子岛都提出扩建大型原油码头的要求，需根据石化发展和国家原油储备基地的建设，选择1-2个点扩建。根据在南通、上海、宁波选点情况建设LNG泊位。
进口铁矿石运输方面，预测2010年外贸进口铁矿石12500万吨以上。所以规划目标为2010年长江沿线(含上海)共可形成矿石接卸能力近1亿吨，其中一次接卸能力约8800万吨。规划的几个重点包括：重点建设舟山20万吨级以上泊位，长江沿线上海、苏州太仓、南通接卸减载后的20万吨船泊位，南京、镇江5-10万吨级二程中转船接卸泊位；重点建设舟山马迹山二期工程、六横岛20万吨级以上矿石码头。2010年宁波、舟山10万吨级以上大型矿石码头5个，接卸能力达7000万吨；建设上海罗泾二期2个、苏州太仓2个、南通狼山三期1个及上海宝钢扩建1个接卸减载后的20万吨级泊位；南京龙潭、镇江大港三期各1个5-10万吨级接卸泊位。
当然，除港口自身建设外，还要规划长江口深水航道向上延伸工程。按照规划继续进行长江口航道三期整治工程，使其达到-12.5米水深。此外，规划部门还将积极进行福姜沙、通洲沙航道治理的前期研究。结合长江口综合治理研究推进白卯沙治理，结合上海市水源地建设工程，参与南北港分流口治理工程，改善宝山水道通航条件。
