2005年，中国物流尽管取得重大进展，进入理性、务实、快速发展的新阶段，但存在的问题同样不容忽视，特别是一些影响物流长远发展的深层次问题有待解决，我国物流发展仍然处于初级阶段。
一、供需不平衡的结构性矛盾依然存在
社会化的物流需求不足与专业化的物流供给不够，是制约中国物流发展的主要矛盾，也是2005年中国物流发展的主要问题，并将成为今后物流发展必须跨越的一个“门槛”。一方面，物流需求聚集和释放的速度不快，“大而全”、“小而全”的企业物流运作比例还比较大；另一方面，物流服务供给能力还不能满足需求，特别是高端需求、即时需求、特色需求、“一体化”需求满足率不高。需求不足与供给不够并存，物流资源短缺与物流服务“过剩”同在。
还有，东、中、西部区域物流发展不平衡，资源型地区流出量与流入量差距很大；城乡物流发展不平衡，农产品物流与农资物流发展滞后；行业物流发展不平衡，部分传统产业物流模式转型不快；各物流环节发展不平衡，供应物流和生产物流的分离外包慢于销售物流；基础性服务与增值性服务发展不平衡，增值性服务所占比例仍然不大；多种运输方式衔接不够，配套不好；公路运力相对“过剩”，铁路运能依然不足；普通设施设备“过剩”，特种、专用设备不足；物流基础设施分属不同的地方、部门和行业，缺乏有效整合和充分利用。
二、粗放经营的格局尚未根本改观
国际上通常把社会物流费用占GDP比率作为衡量一个国家物流运作水平的重要指标。发达国家经过经济结构调整，推行现代物流运作模式，这项指标普遍降为10%左右。近年来，我国的这项指标虽然有所降低，但2005年仍然高达18.6%。尽管我国经济发展阶段和经济结构与这些国家差异较大，但也反映出物流运作效率方面的差距。
物流服务社会化程度低，物流企业“小、散、差”问题还比较突出。在运输市场上，大量规模小、实力弱的小企业和个体运输户从事道路运输，导致空驶和超载现象并存。在仓储方面，一些冷藏、冷冻、恒温、恒湿，以及危险化学品储存能力不足，特别是从农田到餐桌的“冷链”没有形成。有专家估算，我国鲜活、冷冻农副产品在采摘、运输、储存等流通环节上的损失率高达25%到30%。
物流企业信息化程度仍然不高。据对北京货运市场的调查，22家较大的货运市场共有货运企业950家左右，其中只有4家信息化超过30%，采用信息系统的大约130~140家，不到七分之一。据中国物流信息中心调查，目前我国商业企业应用计算机系统的比例不到一半，服务业和运输业的比例更低，分别只有24.3%和18.3%。除了POS和条形码技术外，其他信息技术在物流领域的应用程度普遍较低。物流技术和物流服务规范标准大多不统一。我国集装箱运输在整个货运量中的比例只有20%，而世界平均水平则高达65%。据《来华跨国公司物流服务需求调查报告》显示，受调查的近百家来华外商投资企业中，高达80%的企业对目前物流服务商满意度的评价为“一般”。受访企业认为物流服务商需要改进的方面，信息传递效率排首位。
