三、新规定与原来规定比较
文件同时规定，对被取消自开票纳税人资格的试点企业，同时取消对该企业执行本通知规定的税收政策。这一点与其他运输企业的要求是一致的。《货物运输业营业税征收管理试行办法》(国税发[2003]121号)规定，对自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。如果物流企业不符合货物运输业自开票纳税人资格的，其按差价征税的规定自然不能享受。
文件虽然规定了试点物流企业开具的符合规定的运输业发票可以抵扣7%的进项税额，但也是对原来规定的重复。文件虽然是指增值税一般纳税人在外购货物和销售货物过程中取得的运输发票可以抵扣，但按照《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)最新规定，一般纳税人在生产经营过程中所支付的运输费用，包括试点物流企业的运输费用，也是应该允许计算抵扣进项税额的。
文件关于营业额减除项目凭证“必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证”和“货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣的规定”，与原来《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》(财税[2003]16号)和《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》(国税发[2004]88号)及《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》国税发明电［2003］55号规定是一致的。
虽然文件没有就发改运行[2004]1617号文件要求的企业所得税汇总缴纳问题予以明确，但是所得税细则对此早有规定。所得税实施细则第四条规定：条例第二条所称独立经济核算的企业或者组织，是指纳税人同时具备在银行开设结算账户，独立建立账簿，编制财务会计报表，独立计算盈亏等条件的企业或者组织。不符合细则第四条规定的物流企业在省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域分支机构，不构成所得税纳税义务人。
四、其他物流企业税收处理
文件只规定了37户试点物流企业可以执行这一政策，说明其他物流企业暂时还是要按原来的政策执行。虽然如此，但是文件提出，各地地方税务机关可以根据本地区物流行业发展的实际情况，选取具有一定经营规模、管理集约化并依法纳税的现代物流企业，向国家税务总局推荐参与试点。被推荐的企业经国家发改委、国家税务总局联合确认后，纳入试点物流企业名单。其他物流企业纳入试点后，便可以按照新税收政策规定执行。
