有媒体认为，中国铁路建设诸多问题中最可怕的是铁道部的政企不分。
金融危机为我国的高铁建设添了一把火，在当年的4万亿刺激下，《中长期铁路网规划》顺势将目标里程大幅上调，如快速客运网络总规模调整为5万公里以上，较原规划增加了2万公里，其中有42条高铁建设工程须今年完成。有专家认为，我国高铁建设虽势所必然，但有行政性拔苗助长之嫌，其根源在于铁道部的政企不分，该部集路网垄断者、主导运输商、价格制定者、运行总调度、行业管制者和行政性执法者多重角色于一身，至今最基本的财务信息仍不透明。政企不分使得铁道部被称为中国计划经济的最后堡垒，而这带来的可能是其可出于政绩目的修建铁路，同时还不用考虑投资收益最大化。
政企不分也使得社会资本对铁路建设和运营望而生畏。据悉，铁道部一度试图吸引民营和国际资本进入国有垄断的铁路建设市场，但市场对此的反应却异乎寻常地冷淡。铁路运营由于运价管制，年均投资回报率不足1%，民营资本曾与政府“试水”合作的几条里程很短的铁路项目最终多以民营资本苦涩退出而告终。
铁道部政企不分还带来高负债和金融风险。数据显示，2006年底铁道部的负债总额为6400.77亿元，2009年末已达13033.86亿元。这还没结束，民生银行的相关报告指出，快速增长的债务融资规模使得铁道部的资产负债率逐年上升，预计今年或超过70%。在行业人士看来，政企不分的最大问题在于铁道部不需要直接承担经济盈亏责任的同时直接主导投资建设活动，这样个别领导人片面追求的业绩就能利用行政权力全面展开，而对市场前景经济效益还本付息等不须考虑，因为那是下任的事，所以在大跃进背景下，我国高标准高速度的高铁运营已陷入“高票价高亏损”怪圈。
事实上，对铁道部政企不分的批评由来已久，政企分开和大部制改革是惟一出路已无争议。近年来，虽有铁路投融资体制改革的推动，撤销铁路分局、撤并站段等举动，但丝毫没有触及铁路政企不分、政事不分和政监不分的实质，铁路改革一直无从谈起。有专家认为，在不能马上引入大量社会资本，构建出利益诉求不同的铁路企业的情况下，推进政企分开，把既有铁路局整合成铁路公司实有必要，当然必须有规则约束其可能的垄断行为。因此，建立显性的财务清算、调度指挥、公益服务购买等规则，是我国铁路体制改革的重要制度条件。同时坚持大部制改革的方向，实行政企分开，铁道部变身为单纯的管理者才是最好的出路。
民资曾尝试投入铁路但最终大多退出
早在上世纪90年代，试图进行改革的铁道部就曾制定措施，吸引社会资本投资铁路建设、装备制造等领域，由此诞生了新中国成立后第一条股份制铁路浙江金温铁路，由著名学者南怀瑾联合铁道部和当地政府共同出资修建。然而，在此铁路建成后不久，南怀瑾便将持有的股权全部转让给了浙江省和铁道部，其后又有浙江民企光宇集团投资了浙江衢常铁路，这个项目最终也以光宇集团退出而告终。还曾有外资试图进入中国的铁路领域投资，但最终被这些失败的案例吓退。不过，这些案例并不代表铁路投融资改革的全部。据铁道部统计，到去年底，全国已累计组建了180家合资铁路公司，地方政府及企业投入占这些合资铁路公司资本金的1/3，国外咨询机构曾对2004年至2009年中国的铁路投资进行测算，其中平均5%至6%来自民资。
民企投资是想获得货运能力而非挣钱
专家在分析了民营资本进入铁路的案例后发现，他们的首要目的是为了获得货运能力而非通过铁路运输挣钱。记者调查也发现，近年来，民营企业投资铁路的尝试集中在货运，主要在煤炭运输。基本分两种类型：一是天津国恒铁路公司投资建设的罗岑铁路、酒航铁路，辽宁春成集团投资建
设的巴新铁路，由于投资量大，民企融资能力有限，他们在铁路建设阶段就出现了资金问题，项目至今未建成。二是位于鄂尔多斯的伊泰集团、汇能集团、蒙泰集团、满世集团等，投资依托于能源开发，已完成了几条支线煤运通道的建设，但在运营和与铁道部及地方铁路局的合作中同样遇到了大量难以解决的问题。
参股民资希望铁道部放弃相对控股权
尽管伤痕累累，但仍有勇敢的试水者。蒙西至华中铁路煤运通道项目获批后，今年经铁道部多次协调确定了该项目由铁道部相对控股公司占35%的股份，6家国有企业和1家民营企业受邀参股，沿途各省则以土地入股的方式开建。因产于晋蒙的煤炭须先运到港口，然后海运到东南沿海，1837公里的该铁路建成后可大量节约运煤成本，改变中国煤炭市场的运输和销售格局，各家受邀企业积极参股。此前因在投资建设铁路中这些企业积累了大量教训，他们希望这次能避免遇到类似情况，大胆提出能否请铁道部放弃相对控股权，而只是参股；再有就是与铁路配套的集疏运体系的修建，如车站的集运站建设的决定权能否交由股东会来决定，当然仍要报经铁道部批准，但希望铁道部仅行使行业监管职能，而不是将政企职能全部掌控在自己手里。然而最终他们还是失望了，问题也接踵而至。
民营资本一旦投入铁路便掉入无底洞
国恒的例子很典型，记者在该公司听到的最多的词就是“尽头路”。该公司于2006年获得广东罗定铁路和罗岑铁路的股权，当时罗定铁路已建成并接入三茂铁路，然而另一头却是尽头路，急需尽快修通75.71公里的罗岑铁路，2008年该段总投资概预算14.48亿元，但受征地拆迁等因素影响，资金到位时建设成本已大涨，总预算调至26.61 亿元，罗岑铁路目前已建成近50%，还缺12亿元，公司管理层为此愁死了。当地政府最初对此非常支持，但现已颇为冷漠。由此罗定铁路开通至今，仅2010年和2011年亏损就达3000多万元。此外，在与国铁运营方的合作中，民营企业市场化运作更为灵活，而国铁公司则须服从整个路网的利益，很难变通。类似的情况使由辽宁春成集团发起修建的巴新铁路也同样深陷泥潭。
在审批体制前参股民营企业都傻眼了
铁路一旦建成后问题便逐渐暴露出来，以新包神铁路为例，开通后参股这条铁路的民营企业都傻眼了，他们发现沿线的集运站都被有来头的地方小企业或个人占据了，导致股东单位、有发运计划煤运大户没地方装车。去年这条双线电气化铁路运煤量只有30万吨，亏损近8亿元。投资一家集运站仅需4亿元，通过集运站发运煤炭一吨收20到25元，而在蒙西，4亿元只能建10公里煤运铁路，而运一吨煤每公里0.15元。相对于修铁路，投资建集运站堪称暴利。这种情况与铁道部的审批体制有很大关系。当初参股企业就提出了这个问题，但投资沿线站点集货站的申请都没获批。原因是铁路建设由铁道部计划司审批，而集运站则由该部政策法规司和运输局审批，由内蒙古自治区组织建设。但更重要的是，很多有背景的非股东单位企业或个人却得到了“批准”，参股企业为将煤炭运出只好租用他们的集运站。
民资在参股线路上无法行使股东权利
除了集运站外，参股企业还面临更为严峻的问题：在参股线路上无法行使自己的股东权利。本来参股建设铁路是希望优先获得运力，在邀请民营企业参股时铁道部也承诺将来在运输需求上给予重点安排。但新包神等铁路建成并交地方铁路局运营后，参股的企业发现自己对这条铁路的运营完全没有参与的权利，更不可能也无法优先获得运力。他们与铁道部的股权之争，其实是希望能用更市场化的方式来建设并运营这条铁路，但因这条铁路的股本比例仍由铁道部决定，其结果已不用说了。
铁道部政企不分体制实在太可怕了
“铁道部政企不分的体制实在太可怕了。”当事人万分感慨。“在合资铁路公司里，
很多公司股东会层面就可以解决的事，地方铁路局也须向铁道部汇报，请示铁道部批准，铁道部的审批过程漫长，最终做出的决定又往往与市场实际不符。我们期待着与铁路系统的合作仅是企业与企业间的合作，也许只有铁路系统实现了政企分开才能实现。”专家也认为，铁路系统要想吸引更多的民间资本投资铁路，前提是实现政企分开，同时要引导民营企业找到符合铁路特点的盈利模式，并建立健全保障民企权益的法律法规。多年来一系列放开铁路引资政策的结果证明，其中的关键问题仍是体制障碍。铁路系统长期行政性垄断导致了社会资本的远离，投资者的权益保障更是无从谈起。继续维持现行的行业垄断，允许铁道部滥用行政权与股东权，必然会继续阻滞社会赢利性资金进入。
高铁寄生链铁老大五公司揽六成业务
近年来依托高铁飞速发展，一些原本小企业迅速壮大并登陆资本市场，获得了资金与知名度双丰收。目前A股市场上除南北车外，还有5家与高铁密切相关的公司：辉煌科技、特锐德、鼎汉技术、佳讯飞鸿、世纪瑞尔。这5家“寄生”上市公司严重依赖于铁道部的单一定向采购，主营业务中铁路相关占比均超60%。其中，辉煌科技为铁道部指定企业、高铁信号监测和防灾安全系统的主承包商，上市前3年其来自于国家铁路市场的营收占主营收入比例为76.35%、66.80%、77.42%。同样，佳讯飞鸿的主营业务为常规调度系列、应急指挥系列和铁路防灾安全监控系统产品三大类，几乎囊括了该公司100%的主营收入。鼎汉技术主营的轨道交通智能电源系统约占其营收总额的87%。主营产品包括铁路综合视频监控系统、铁路防灾安全综合监控系统平台、铁路通信监控系统等的世纪瑞尔，主营业务对铁老大的依赖度同样接近100%。主营为铁路箱式变电站及配套设备的特锐德营收中铁路设备占比也达到了58%。这5家公司的销售毛利率远高于同行，鼎汉技术和特锐德分别高出平均水平21个百分点和13个百分点，属于信息服务业的辉煌科技、世纪瑞尔及属于信息设备行业的佳讯飞鸿均存在类似情况。
