“十二五”期间，连云港市水利发展的基本思路与目标是：基本建成与淮沂沭泗流域相适应的区域防洪除涝减灾体系，全面提升水旱灾害防御能力和防洪减灾服务能力，重点保障沿海地区防洪安全；基本建成与优化配置和高效利用要求相适应的区域水资源供给体系，切实提高经济社会发展和人民生活用水安全的保障能力，重点保证沿海地区港口建设、产业发展的用水需求；基本建成与经济社会可持续发展相适应的水资源保护体系，明显改善城乡饮用水源水质和水生态水环境状况，保障沿海开发与水生态环境协调发展；基本建成与政府社会管理和公共服务要求相适应的水利发展服务体系，使水管理体制简政、高效、协调，水利运行机制科学、稳定、灵活，有效促进水利事业整体发展。
一是构建较为完善的防洪（潮）除涝体系。连云港市城市防洪标准达50年一遇，城市排涝标准达20年一遇；县城及重要乡镇按20-50年一遇标准设防，排涝标准达10年一遇；区域排涝标准达到5-10年一遇，防洪标准基本达到20年一遇。全市重点海堤全面达到50年一遇加10级风浪的标准。
二是构建安全可靠的供水保障体系。实现工业用水重复利用率在现有基础上提高5个百分点，生活用水达到97%保证率，农业灌溉水利用系数提高0.05，主要工业及航运用水保证率达到95%以上，农业供水保证率达到75%以上。
三是构建稳定健康的农村水利发展体系。大力发展农村水利，提高农业抗御水旱灾害的能力，是农村生产发展的重要前提。坚持以保障农业发展、农村稳定、农民增收为目标，继续加强农田水利基本建设，不断改善农田灌排条件。
四是构建持续有效的水环境保护体系。结合新农村建设，坚持工程措施与非工程措施相结合，对水资源进行开发、利用和保护。开展农村水系治理、河道清淤疏浚、河塘整治和引排水工程建设，着手进行清洁型生态小流域建设，大力开展中小河流整治等水环境工程，从根本上治理农村脏乱差状况，改善村容村貌、生态环境和人居环境，防治农业面源污染，沟通水系，改善水质，恢复功能，建设良好农村水生态环境。积极开展水土保持，树立以开发促保护，以保护促发展的理念，有计划、有步骤、科学合理地开发利用和保护湿地资源，实现环境效益、经济效益和社会效益的有机统一。到2015年，主要饮用水水源地水体水质全部达到水质目标要求，蔷薇河、通榆河的水质达到国家地表水环境质量三类以上标准，全市集中式饮用水源地水质达标率提高到98%以上，地下水严重超采区的超采趋势得到有效控制，水环境状况明显改善。
五是构建现代化的水利改革与工程管理体系。通过干部人事制度、经营性事业单位、水管单位体制、水利投融资体制等各项改革，逐步理顺各项管理机制和运作机制。加强工程运用管理，做到建管并重，科学调度，充分发挥工程效益。
六是构建规范高效的社会管理与公共服务体系。加强依法行政，推进法制建设，深化水利改革，增强行业活力。进一步增强应对突发事件能力，水利法规体系更加完善，依法行政与规划管理进一步强化，水利社会管理和公共服务职能进一步拓展。水行政管理、水资源管理、水利工程管理、水利工程建设管理进一步规范，农村水利建设管理机制进一步确立。水利信息化与科技水平进一步提高，水利人才结构进一步优化。水行政权力网上公开透明运行，形成更加完善的水利发展服务体系。
