1997年1月起，上海、天津、青岛、大连、福州、厦门、盐田等主要港口与基隆、台中、高雄等港口之间，开通运送两岸货物绕经第三地而不需换船的集装箱班轮航线，两岸贸易货物运输成本从而大幅降低。同年6月，祖国大陆的方便旗船可以进入台湾港口，在香港和台湾注册的船舶在进入对方港口时，可以不悬挂带有国家标志的尾旗。10月21日，台湾交通主管部门正式开放母船经营境外航运线，并得延伸至第三地，即外国船舶转运祖国大陆输往第三地或第三地输往大陆的货物经当地航运机关核准，可直接航行“境外航运中心”与祖国大陆地区港口之间。
1997年11月初，中远集团、中海集团与长荣集团、阳明海运集团洽谈两岸航运联营事宜，合作内容包括以大陆港口为起点的对外航线、全球性及区域性的国际航线及其双方舱位互租、业务联营等业务。同时，中远集团根据台湾“境外航运中心”开放母船航行办法，通过台湾的代理机构向台申请经营自蛇口经高雄、香港、日本前往美国西岸的国际干线运输。
1998年，海华海运公司所属的“马纳斯鲁”号货轮，与立荣海运公司互租舱位，经营上海经第三地（琉球石垣岛）至台中港的集装箱业务。
1999年9月，立荣海运公司与中远集运合作，开辟远东—波斯湾航线，展开联营合作关系；2001年3月，又共同开辟远东—红海航线，提供货主每周一次的运务。
1998年，阳明海运公司通过与日本川崎汽船、中远集运进行欧美航线舱位互换的联营合作，自2000年开始，又通过海外公司与中远集团共同派船的联营合作。2001年7月，阳明海运集团整合阳明海运公司及其子公司光明海运所经营的的台港航线，由阳明海运公司接手原光明－亿通两条台港联运航线，加上阳明海运原有的其他亚洲航线，提供基隆、高雄－香港每周五日与台中－香港每周四日结关运输服务。2001年9月20日，中远集团与阳明海运公司、日本川崎汽船及韩进海运、德国胜利航运公司五大航运公司在上海召开高层经营管理会议，决定在全球的主要航线上全面合作，提供更密集配船、班航及湾靠港口等服务，以建构坚强的海运联盟关系。2002年4月15日，阳明海运公司首次正式发布新闻，宣布该公司与中远、川崎汽船及韩国韩进共建CKYH联盟，在美国大西洋通过购置同业舱位方式扩大营运。目前，阳明海运与中远集团的合作已从间接合作发展为直接合作，除了在欧美航线互租舱位营运，在地中海航线还与美国东岸航线建立有共同派船的合作关系。
