记者致电海峡两岸航运交流协会理事长胡汉湘询问两岸直航政策的进展情况时，他表示，目前交通运输部正在研讨相关政策。
而记者从福建省政府办公厅下发的相关文件获悉，今年，福建省将力争福建船舶首航台湾本岛，促进两岸直航的率先实践。通知中指出，将推动厦门五通客运码头择机开通至金门客运航线，推动发展“海空联运”业务，进一步与澎湖有关方面进行沟通联系，争取船舶能够进入澎湖。此外，福建省还将力争交通运输部批准福建沿海所有开放口岸率先对台所有港口开放，鼓励台湾船公司在福建设立分公司或办事处，同时力争福建船公司在台湾设立分公司或办事处。
事实上，在2007年5月，为了进一步满足台湾航运业务发展的需要，密切两岸航运的关系，交通部（现交通运输部）决定在原有的开放基础上，进一步向台湾航运和道路运输企业开放运输市场，相关企业可以直接在大陆设立独资船坞、集装箱运输服务、货物仓储、集装箱场站、国际船舶管理和汽车维修企业等。同时，在国际船舶代理、道路客运方面可以和大陆方面成立合资公司。从事福建沿海与金门、马祖、澎湖海上执航通航的台湾客运公司，可以在大陆，也就是福建相关口岸设立代表机构、办事处，从事相关的票务工作。
2007年10月，国家税务总局专门下发了《关于海峡西岸经济区发展有关税收政策问题的意见》，这是第一次为海峡西岸经济区出台区域性优惠政策。意见明确了福建沿海与金门、马祖、澎湖海上直航业务税收优惠政策、出口退税免予提供纸质出口收汇核销单试点单位等一揽子优惠政策。意见出台后不久，财政部和国家税务总局又出台了《关于福建沿海与金门、马祖、澎湖海上直航业务有关税收政策的通知》，规定海峡两岸船运公司从事福建沿海与金门、马祖、澎湖海上直航业务在大陆取得的运输收入享受免征营业税和企业所得税的优惠政策。目前福建沿海有100多家涉台企业享受到税收优惠。
