两岸集装箱班轮试点直航
1997年4月19日，福建省与台湾地区海上集装箱班轮试点直航航线开始运营，台湾方面称为“境外航运中心定点直航”。参航口岸为福州、厦门和高雄，参航企业均为两岸拥有外贸航运经营资质的船公司，参航船舶为两岸资本的方便旗船舶（台湾称为权宜轮，下同）。进出对方港口的船舶均需升挂对方旗和查验船舶相关证书并签注；主要运载福建省出口到欧美的中转集装箱，所运载的集装箱均为中转贸易货物，而福建省对台湾的直接贸易货物无法进入台湾本岛。目前状况为船通但货不直接通。
两岸三地弯靠运输
1997年，福建省开放口岸与台湾地区两岸弯靠航线开始运作，参航口岸为福州、厦门和高雄、基隆、台中等，参航企业均为两岸拥有外贸航运经营资质的船公司，既有集装箱班轮运输，也有不定期散杂货运输。参航船舶为两岸资本的方便旗船舶；主要运载福建省出口到台湾的直接贸易货物，参航船舶必须绕道日本石垣岛或香港转关换单后才能进入台湾本岛。目前状况为货通但船不直接通。
其中两岸三地弯靠集装箱班轮航线于1998年开始正式运作，1998年初，台湾当局核准祖国大陆上海锦江航运公司的“通顺轮”与“通利轮”经营经第三地的两岸定期航线。3月8日，该公司第一艘定期航行两岸的祖国大陆“通顺轮”（权宜轮）经日本石垣岛航抵基隆港，实现了两岸母船经第三地湾靠即可原船载货往返台湾和祖国大陆港口的航行。这是台湾当局核准的第一艘大陆轮船（权宜轮）航行台湾港口，也是上海与基隆的首次正式通航，是两岸航运业的一个重要发展。
1997年7月4日，由台湾富国新海运公司的巴拿马籍“富国兴”轮承载首批向台湾地区间接出口的6 070吨河砂由福州港经日本石垣岛运抵基隆港，为福建省两岸三地弯靠不定期散杂货运输拉开了帷幕。自此以后，两岸资本的方便籍船逐渐成为两岸散杂货运输的主力。
福建沿海与金门、马祖、澎湖间海上货物直航
2001年1月2日，福建沿海地区与金门、马祖、澎湖间的海上货物直航开始运营，台湾方面称为“试办金门、马祖与大陆地区通航”。参航企业均为两岸拥有经营资质的船公司，参航船舶为两岸注册的船舶，采取悬挂公司旗和另纸签注等方式；主要运载福建省的砂石等建筑材料到台湾的金门、马祖和澎湖，参航船舶可直接进入台湾地区的金门、马祖和澎湖。目前状况为船通货通人通，挂旗方式突破。
