经过四天换展期后，2006年4月25日上午，第99届广交会第二期如期在流花和琶洲两地登场。其中流花路展馆展出礼品类商品，琶洲展馆展出日用消费品类商品。
截至目前为止，本届广交会不仅到会采购商人数和成交额均有稳定上升，新采购商的比例还超过了一半。根据大会统计，本届广交会第一期到会新采购商比第98届同期增长8.56%，占总到会人数52.75%。
广交会第二期展出的包括玩具、礼品、日用品等，历来是专利侵权投诉的重点，其中关于日本三丽鸥公司“HELLOKITTY”商标权的投诉，更是连续多届密集发生，被列为广交会严重侵权个案。2006年相关情况也令人瞩目。广交会新闻发言人徐兵表示，广交会一直重视知识产权保护工作。早在1999年就与中国知识产权保护部门取得联系，设立了投诉站和查处机构。近年来，侵犯知识产权案件发生率已呈逐年下降趋势，第96届交易会共查处侵权企业15家，第97届减少到7家，第98届就只查处3家。徐兵介绍，第99届一期共受理涉嫌侵权投诉208宗，涉及企业364家。被投诉企业比上届同期略有减少，最终认定构成涉嫌侵权的企业共有201家，比上届同期减少22家。
徐兵强调，第99届广交会要求13686家参展企业签下“知识产权保护责任书”，以进一步加强中国企业的知识产权保护意识。大会将严格执行中国政府多个部门于2006年2月颁布的《展会知识产权保护办法》，对于连续两届被查处的企业给予警告通报处分；对于连续三届被查处的企业，则永远取消参展权。
为迎接100届广交会庆典，本届广交会还对60家表现突出的优秀布展企业予以通报表扬。
一位姓王的店主给记者算了一笔账：一包一次性木筷子共5000双，按5%的征税幅度来算，每包价格涨5块钱，摊到每一双筷子才涨价1厘，只占总体成本份额很小一部分，厂家基本上可以在内部自行消化。“而且现在竞争那么激烈，生意也不好做，谁愿意为那点小钱丢失市场份额？”
