提单风险
倒签、预借提单现象比较普遍，凭保函签发清洁提单或无单放货的情况更是普遍，船公司为了规避自己的风险，一般在货主提出上述要求时要求货主出具保函。
但经常由于货主远在异地或者货主的资信不能得到船公司的信任和认可，往往会要求货运代理人出具保函以保证承担由此引起的一切责任，或要求货运代理人在货主出具的保函上加盖公章，承担连带担保责任。
货运代理人为向货主体现自己“优质”的服务质量，一般随意地按照船公司的要求出具了保函。货运代理人此时仅是货主的代理人，出具保函的行为是超越代理范围的自身行为，因此货运代理人所承担的风险责任也远远超越了其应当所承担责任的范围。
法律适用风险
货运代理人在作为国际多式联运经营人时，由于货物运输可能同时采取几种运输方式，货物运输的路段也会涉及几个国家，每一种运输方式所适用的法律不同，其规定的责任区间、责任限额、责任大小都不尽相同，而不同国家的具体法律规定又是不同的，这样就有可能导致法律适用问题给货运代理人造成风险损失。
由于各地的海关监管、免疫查验、出入境管理以及其他相关监管的法律法规的规定不同，而且货运代理企业又不能完全熟悉掌握，尤其是一些最新出台的法规，货运代理企业缺少信息追踪以及相关信息调研的部门，极有可能会触犯这些规定，从而招致处罚，轻则罚款，重则有可能被吊销当地的经营资格。
职工个人行为风险
企业的经营活动是通过其职员完成的，但并不是所有的职员都忠实可靠，他们的个人行为往往以公司职务行为为掩护，让货运代理企业无法辨别，误认其个人行为为公司行为，当个人攫取利益逃之夭夭后，又无从向其原单位索赔，从而导致经济损失。
个别职员长期负责某单位某项具体工作，比如领提单、拿支票等等，货运代理企业往往会放松对其警惕性，有些人在其公司解除劳动关系后，仍然冒名领取提单，或骗取支票，事后由于该职员没有原单位的书面明确授权，货运代理企业往往自食其果。还有个别职员在某单位从事订舱工作，其在做公司正常业务的同时又承揽私人的业务，“公务”和“私务”交杂在一起，货运代理企业很难区分，往往会造成不必要的麻烦。
风险的防范
1、树立风险意识，健全内部规章制度，制定标准业务流程，对可能出现因疏忽造成风险的业务环节进行科学、全面的分析，使业务环节程序化、制度化，并不断完善。努力学习业务知识，工作认真负责，避免操作失误。
2、对客户实行信用管理，对货主实行资信等级考察制度，对不同等级的货主实行不同的对待策略，同时，提高警惕性，时刻注意保护自身的利益；垫付运费应签订合同，并随时掌握对方经营状况。
3、对外出具保函应当进行严格的审核，慎重出具，对于不应当或不必要以及可能损害货运代理人利益的保函坚决不出。
4、加强对相关国家法律的研究和了解。
5、要求往来文件尽量加盖公司印章，对于个人的业务行为，要求其公司提供委托授以书，明确其行为为公司授权的职务行为。
