7月10日—13日，中国航空公司派了3架飞机，向在印度被日军切断退路的中国远征军空投70多吨食物和药品。

　　7月21日，中国航空公司孙文宽。潘国定和华祝等人历时半个多月，往返全程6600公里，试航中国通往印度的又一条新航线获得成功。中国航空公司在“驼峰空运”中，完成了大量空运任务，对中国抗日战争和国际反法西斯战争作出了令人崇敬的贡献。 

　　l944年1月1日从1月至4月，新组建的中央航空公司因未能得到新补充的飞机和器材，处于停航状态。 

　　1945年8月15日，日本接受波茨但公告，宣布无条件投降。抗日战争取得最后胜利，中国航空公司、中央航空公司把总公司陆续迁回上海，并立即投入紧张的“复员运输”。

　　9月16日，中央航空公司利用逾龄旧飞机，于是日下午5时飞抵上海，这是抗战胜利后第1架飞抵上海的民航班机 。

　　1946年10月25日美国人克莱尔，陈纳德成立“行总空运队”，从美军剩余物资中•，购买了C一46、c一47型飞机19架，招募了一批飞行人员，开始了不定期的班机飞行，其飞行基地设在上海虹桥机场。

　　12月7日，国民党政府交通部原则决定龙华机场为国内航空线基地，虹桥机场为国际入境机场。因虹桥机场无经费，一时不及建设。

　　12月24日，傍晚，上海大雾弥漫，中国航空公司2架飞机和中央航空公司1架飞机分别在龙华机场和江湾机场坠毁，死亡旅62人，飞行人员9人。这是轰动中外的“上海黑色圣诞之夜”空难事件。 

　　l947年1月20日，为了改变航空公司空难频价的困境，国民党政府成立民用航空局，隶属交通部，负责管理全国的航空公司、空中交通管制和机场建设等业务。7月1日，国民党政府交通部民用航空局上海龙华航空站正式成立，对龙华机场实行统一的经营管理。

　　8月23日，国民党政府行政院长张群签署命令：“上海虹桥机场仍保留作民航之用”。 

　　1948年5月28日，国民党政府交通部民用航空局与陈纳德签订合同，正式将行总空运队改组为交通部民用航空局直辖空运队，并开放了31处空军机场为其使用，遭到中国、中央两航空公司及国人的抗议和反对，认为有碍中国领空主权。

　　12月，以上海为基地的中国、中央两航空公司陆续搬离上海。中国航空公司的总公司迁至台南，机航基地迁至香港；中央航空公司的总公司迁至广州，以后也迁至香港。

　　在台湾于内战后的民航发展方面，1949年时原先的三大航空公司（中央、中国、民用航空运输队），仅民用航空运输队随国民党政府于迁至台湾，以维持台湾岛内及香港等地的航线正常营运，分部设在香港、东京和曼谷。民航空运队在1955年改组成立民航空运公司，经营岛内外航线，但1975年该航空公司法人股东美国太平洋公司决议宣布解散。