近年来，我国仓储体系建设取得了比较大的发展，但是与国民经济整体发展相比，还有不小的差距。主要表现在：
仓库过多，且仓库布局不尽合理。
历史的原因造成了我国形成各种部门仓储业格局，各部门都有自己的仓库，自称体系，各自为政。仓库最初建设的目的多是为了满足本系统或本部门物资供应的需要而建立起来的。但是，我国的仓库大部分是平房仓库，占地面积大，储存效率低。这些仓库大部分多分布在经济发达的地区和城市。仓库的重复建设不但加大了我国的基础建设投资，还占用了大量的土地。更因为我国是一种部门仓储业，因此出现同城同类仓库来回倒库的严重问题，结果造成货物中转环节多、货物旅行等不合理的物流现象，浪费了大量的人力、物力和财力；而一些边远或落后的地区在发展经济急需建立仓库的时候，又由于资金不足或其他的原因，不能及时到位修建。仓库布局的这种不平衡状况，直接影响了地区经济的发展，进而影响了城市或地区整体发展规划的实施。
对自动化仓库技术的引进缺乏必要的经济论证和可行性研究。
在引进自动化仓库技术方面也缺乏必要的经济技术论证和可行性研究，特别是在20世纪80年代初我国刮起了一股自动化仓库热风，许多企业和部门纷纷建立自动化仓库，投入了大量资金、物力和人力，但是真正充分发挥自动化仓库作用的却不多。
仓储设备状况相差悬殊，各仓库作业效率不均衡。
目前我国各仓库所拥有的设备状况不一样，有的现代化仓库拥有非常先进的仓储设备，如各种先进的装卸搬运设备、高层货架仓库、全部实行计算机管理等；而有的仓库却还在以人工为主的原始管理状态，仓库作业大部分靠人拉肩扛，只有少量的机械设备，当出入库任务较集中时，不得不采用人海战术，仓库作业效率极低。还有一种情况是介于上述两者之间，具有一定的机械设备和铁路专线，但利用率不高，有些设备已经老化，有些已经陈旧，但由于资金不足，无力更新，只得带病作业，隐藏着许多不安全因素。另外，有些仓库为了维持日常的经费开支，不得不出租库房、专用线等，使我国的仓储综合效益难以提高。
大部分仓储业务员素质较低，管理水平不能适应现代化的要求。
由于历史的原因，我国仓储部门工作人员的文化程度普遍较低，如铁道部仓储工作人员大专以上文化程度的只占全路物资职工的2.9%。中国物资储运总公司是我国物资储运系统内较大的单位，大约两万名员工，而中等以上学历的只占18.2%。学历层次不高，直接影响了管理水平的提高。
仓储管理方面的法规、法律还不够健全。
建立健全以责任制为核心的规章制度是仓储管理的一样基础工作，严格的责任制是现代化大生产的客观要求，也是规范每个岗位职责的依据。新中国成立以来，建立了不少仓储方面的规章制度，但随着生产的发展和科学水平的提高，至今有些规章制度已经不适合工作，需要进行修改和新建。在仓储管理法制方面，我国的起步较晚，至今我国还没有一部完整的《仓库法》。同时，我国仓储管理人员的法制观念不强，不会运用法律手段来维护企业的利益。
