由于货运代理人在完成委托出运事项后向委托人迟延交付单证(主要为核销单及报关单)，委托人因此诉请交付单证和赔偿损失的货运代理合同纠纷案件，与货运代理合同欠款纠纷中原告均为受托人、被告均为委托人恰相反，该类纠纷中的原告均为委托人(货主)，被告均为受托人(货运代理人)。
该类纠纷产生的原因大致可分为两种情况：
一是货运代理人有意留存核销单报关单以促使委托人及时偿付代垫海运费、代理费等有关费用；
二是货运代理人并非有意留存单证，而是疏于及时交付单证。根据委托人的具体诉讼请求(交付单证、赔偿损失、交付单证及赔偿损失)，该类纠纷案件的案由可定为货运代理合同交付单证纠纷、货运代理合同损害赔偿纠纷和货运代理合同交付单证及损害赔偿纠纷。
货运代理人迟延交付单证的法律性质
一般说来，货主在货物出口时需制作(出口)报关单以向海关进行货物出口的申报，鉴于我国在对外贸易中施行出口退税制度，货主还需制作出口收汇核销单，收汇成功后，货主可以持收汇证明、报关单(出口退税联)和核销单向国家税务局申请出口退税。根据货代实务中的操作惯例，货主通常将报关单、核销单与其他单证一并交给货运代理人，货运代理人代为报关后应在第一时间取得加盖海关放行章的核销单和报关单(出口退税联)。
目前的司法实践中，货运代理人在货物出运后应将核销单报关单及时交付给委托人已成为共识。至于货运代理人迟延交付单证行为的法律性质，笔者认为，鉴于货运代理人的义务之一就是代为报关，从而使委托人制作的报关单核销单通过海关加盖放行章产生法律上的效果。如果说报关行为是货代合同的标的之一的话，则报关单核销单是货代合同得以履行不可或缺的要件之一。
我国《合同法》第404条“受托人处理委托事务取得的财产，应当转交给委托人”的规定中的“财产”在货运代理合同纠纷的法律适用中，应做扩大解释而涵盖前述核销单报关单。因此货运代理人在货物出运后及时将报关单核销单返还给委托人是其在货运代理合同中的义务之一，其迟延返还的行为属不及时履行合同义务的违约行为；同时，鉴于核销单报关单自始至终均属委托人所有，委托人将其交给货运代理人仅是为了报关的需要，因此除非合同双方就货物出运后的单证返还事宜有过约定，报关完成后货运代理人理所当然应将单证返还给委托人，其不及时返还的行为构成对委托人单证所有权的侵犯。
货运代理人迟延交付单证是否违法
对于货运代理人为促使委托人支付代垫费用及报酬而有意留存单证行为是否违法的问题，目前的司法实践有肯定与否定两种意见。笔者则认为，货运代理人可以基于行使同时履行抗辩权而留存单证。所谓同时履行抗辩权，是指因契约而互负债务者，于他方当事人未为对待给付前，得拒绝自己的给付，而所谓互负债务，是指双方所负债务具有对价关系。
在目前我国合同法未将货运代理合同作为有名合同加以规定的情况下，货代合同中双方的权利义务只能参照适用委托合同的有关规定。有偿委托作为双务契约，受托人因处理委托事物所收取的金钱、物品，应交付委托人，此为受托人的利益交付义务，对此我国《合同法》第404条已有规定；而依据我国《合同法》第398条，委托人有向受托人偿还代垫费用及其利息的义务，此为委托人的财产付出返还义务；受托人利益返还义务与委托人财产付出返还义务立于对价关系，得为同时履行抗辩主张。
因此，核销单报关单作为货运代理人处理委托事物所取得的“财产”或“物品”，货运代理人虽负有返还义务，但在委托人履行代垫费用返还义务之前，其可以主张同时履行抗辩权而拒绝交付。
需要明确的是，在委托合同中，受托人处理事物给付义务与委托人报酬给付义务均为合同的主给付义务，两者间立于对价关系，得为同时履行抗辩主张，但受托人的利益返还义务却为从给付义务，与委托人支付报酬义务不具有对价关系，若委托人已返还代垫费用，仅是未支付报酬，则货运代理人不可主张同时履行抗辩权而拒绝交付单证。因此前述案例中，Z公司关于J公司未向其返还代垫海运费的抗辩有理，而未支付货代报酬的抗辩则于法无据。
