中华人民共和国深圳海关前身为“九龙关”，1887年4月在香港成立。1949年10月，人民政府接管了九龙关并将其总部机构由香港撤回深圳。1950年1月，根据海关总署的决定，“九龙关”更名为“中华人民共和国九龙海关”，保留“九龙”这个关名，其意义在于显示中国人民维护国家主权和领土完整的决心。1997年7月1日，香港回归祖国，本着“一国两制”的原则，根据国务院的决定，“九龙海关”更名为“深圳海关”，江泽民总书记亲笔题写了“中华人民共和国深圳海关”的新关名。