我国农产品进出口在加入世贸组织后，出现了历史上从未有过的大逆差。2004年达46.4亿美元；今年前三季度虽然出口量增加、进口量减少，但逆差仍达15.8亿美元。
从2005年开始，我国农业在加入WTO谈判中所争取的过渡期基本结束，进入了WTO的“后过渡期”，逐渐成为世界上农产品市场最开放的国家之一。农产品关税已降至承诺的终点。根据加入世贸组织的承诺，我国农产品关税已由加入WTO前2001年的23.2%，降至2005年的15.35%，远远低于62%的世界农产品平均关税水平，成为世界上农产品关税总水平最低的国家之一。这对国家调控农产品进出口带来很大困难。
2004年，我国农产品进出口总额达514.2亿美元。其中农产品出口额233.9亿美元，比上年增长9.15%；农产品进口额280.3亿美元，比上年增长48.07%。农产品进出口贸易差额由上一年顺差25亿美元转变为逆差46.4亿美元，这是自1984年以来我国农产品对外贸易首次出现逆差。今年以来仍是逆差。加入世贸组织的第三个年头，我国已从农产品净出口国转变成为农产品净进口国。
近在眼前的挑战是，2006年对我国农产品出口是一个“大坎儿”。进口我国农产品的大户日本计划在3年内制定临时标准，并将最迟于2006年5月实施可用农药清单制度。据了解，日本现行制度只对130种农作物、229种农药设定近9000个限量标准，对无限量标准的农药残留，即使残留达到一定程度，也不能限制此食品在市场上的流通。而将要实施的可用农药清单制度，则对135种农作物、724种农药设定97000多个限量标准；其中新设定临时限量标准约19000个，对其他无限量标准的农药一律采用基准，初定为0.01ppm、0.05ppm或0.1ppm。这意味着出口日本的农产品将几乎不允许含有农药残留。
同时，新的《欧盟食品及饲料安全管理法规》将于明年1月1日实施。欧盟的新规定，对我国农产品的高端竞争能力提出严峻的课题和挑战。而到2010年，中国－东盟自由贸易区的实施，以及中澳、中新等其他自由贸易区谈判的开始，也将使我国保护农业的传统手段逐步消失。
