与普通班轮一样，国际集装箱海运运费除计收基本运费外，也要加收各种附加费。附加费的标准与项目，根据航线和货种的不同而有不同的规定。集装箱海运附加费通常包括以下几种形式：

　　（1）货物附加费（Cargo Additional）

　　某些货物，如钢管之类的超长货物、超重货物、需洗舱（箱）的液体货等，由于它们的运输难度较大或运输费用增高，因而对此类货物要增收货物附加费。当然，对于集装箱运输来讲，计收对象、方法和标准有所不同。例如对超长、超重货物加收的超长、超重、超大件附加费（Heavylift and Over-length Additional）只对由集装箱货运站装箱的拼箱货收取，其费率标准与计收办法与普通班轮相同。如果采甩CFS/CY条款，则对超长、超重、超大件附加费减半计呶。

　　（2）变更目的港附加费

　　变更目的港仅适用于整箱货，并按箱计收变更目的港附加费。提出变更目的港的全套正本提单持有人，必须在船舶抵达提单上所指定的卸货港48h前以书面形式提出申请，经船方同意变更。如变更目的港的运费超出原目的港的运费时，申请人应补交运费差额，反之，承运人不予退还。由于变更目的港所引起的翻舱及其他费用也应由申请人负担。

　　（3）选卸港附加费（Optional Additional）

　　选择卸货港或交货地点仅适用于整箱托运整箱交付的货物，而且一张提单的货物只能选定在一个交货地点交货，并按箱收取选卸港附加费。

　　选港货应在订舱时提出，经承运人同意后，托运人可指定承运人经营范围内直航的或经转运的三个交货地点内选择指走卸货港，其选卸范围必须按照船舶挂靠顺序排列。此外，提单持有人还必须在船舶抵达选卸范围内第一个卸货港96h前向船舶代理人宣布交货地点，否则船长有权在第一个或任何一个选卸港将选卸货卸下，即应认为承运人己终止其责任。

　　（4）服务附加费（Service Additional）

　　当承运人为货主提供了诸如货物仓储对已关或转船运输以及内陆运输等附加服务时，承运人将加收服务附加费。对于集装箱货物的转船运输，包括支线运输转干线运输，都应收取转船附加费（Trans-shipment Additional）。

　　除上述各项附加费外，其他有关的附加费计收规定与普通班轮运输的附加费计收规定相同。这些附加费包括：因港口情况复杂或出现特殊情况所产生的港口附加费（Port Additional）；因国际市场上燃油价烙上涨而增收燃油附加费（Bunkel Adjustment Factor，BAF）；为防止货币贬值造成运费收入上的损失而收取货币贬值附加费（Currency Adjustment Factor，CAF）；因战争、运河关闭等原因迫使船舶绕道航行而增收绕航附加费（Deviation Surcharge）；因港口拥挤致使船舶抵港后不能很快靠卸而需长时间待泊所增收的港口拥挤附加费（Port Congestion Surcharge）等。此外，对于贵重货物，如果托运人要求船方承担超过提单上规定的责任限额时，船方要增收超额责任附加费（Additional for Excessof Liability）。

　　需指出的是，随着世界集装箱船队运力供给大于运量需求的矛盾越来越突出，集装箱航运市场上削价竞争的趋势日益蔓延，因此，目前各船公司大多减少了附加费的增收种类，将许多附加费并入运价当中，给货主提供一个较低的包干运价。这一方面起到了吸引货源的目的，同时也简化了运费结算手续。