9月16日，受强台风“山竹”影响，深圳海关隶属沙头角海关“中英街”罕见停止办理沙头角边境特别管理区通行证（俗称“蓝证”），到17日中午恢复正常办理。台风对沙头角海关物流查验场、口岸旅检小车道、中英街旅检大厅等处造成不同程度的破坏。沙头角海关人员积极抢修受损设施，目前各现场通关已恢复正常。
17日上午，风势逐渐减小，阵雨断断续续，沙头角海关安排专人前往各现场对设备系统、通道栅栏、起落杆等开展抢修，统计受损情况，各现场人员自主清理现场吹过来的垃圾、杂物、树叶等，各业务现场已于17日全部恢复正常通关。
从沙头角海关现场所见，该关货运机检办公区玻璃门被刮碎，碎玻璃散落一地；口岸旅检入境车道卡口栏杆刮折；中英街内海水倒灌，积水最深处可达1米。在台风期间造成卡口及设备损坏后，沙头角海关安排充足人力保障车辆顺畅通关，及时调整至人工验放模式并做好登记；当口岸交通堵塞时，迅速联系交警部门协助维持秩序。
9月16日当天，沙头角海关物流现场无货运车辆通关，口岸进出境人员车辆等均较平时有极大减少。目前，口岸通关平稳顺畅，通关车辆和人员逐步回升中。
