马英九6日针对八仙尘爆召开“国安高层会议”，“行政院长”毛治国率“卫福部”、“内政部”等各“部会”参加，新北市长朱立伦也到场，会中确立4大处理原则，包含“救人第一，不计代价”、“一人一案，长期陪伴”、“追究责任，检讨原因”、“统合统整，群策群力”。此外，现在是非常时期，马英九要求“卫福部”讨论外籍医护协助办法。
马英九裁示“一人一案，长期陪伴”，成立基金会，长期陪伴；“统合统整，群策群力”，结合“中央”地方，“政府”与民间；“追究责任，检讨原因”，改善一定贯彻，责任追究到底。马英九并表示，“政府”会提供“全人、全程、全力”的“三全”最完善照顾，包含身体医疗与心理辅导双重管道的全人照顾，及医疗、复健、心理辅导与未来就学与就业的全程照顾，“政府”会不计代价救人，结合“中央”地方民间，并成立基金会以长期陪伴。
在医疗资源调度上，“卫福部”建立医护支援人力媒介平台，每日汇整各医院人力需求与可支援各医事人员数量，并简化支援人力流程，采直接送交卫生局备查。大体皮肤目前购入24.7万平方公分，未来一周内将再购入40万平方公分。
由于此次事件有262位学生受伤，台“教育部”将与新北市合作建立“携手陪伴计划”，针对每位同学建立复健计划，各校建立专责联络窗口，掌握每位学生所需事项，每所医院指派教官负责联系，提供家属必要协助。
台“交通部”将与新北市政府组织求偿团队，准备团体诉讼，取得假扣押裁定，将责由八仙乐园负起责任，不足部分也应依法负赔偿责任。朱立伦于会中表示，针对未来各界捐款，新北市府将以公开、透明方式进行整体运用，他要求“行政院”持续加强所有医护资源的统筹调度，以便将人力、物力做最好、最快速分配。
