2016年度，二连浩特检验检疫局共受理出入境集装箱报检6658批，24821标箱。箱体外部消毒率为100%，入境集装箱开箱查验率为5%。出入境集装箱批次占全区进出境集装箱比例的57.8%，数量占比76.9%。2017年，二连浩特局依据上年出入境集装箱检验检疫监管情况，持续推进出入境集装箱检验检疫监管。
一是加强现场检验检疫监管。针对入境空集装箱检出土壤、植物种子、生活垃圾等不合格情况，加强对入境空箱的检疫查验力度，加大抽查比例，指定专人负责，做好空箱的卫生处理和监管工作，避免传入有害物质，导致疫情传播，危害口岸、沿途及目的地卫生安全。
二是开辟中欧班列绿色通道。制定中欧班列检验检疫监管业务工作规范，实行预报检制度。根据班列实际情况，制定查验方案，提供365天全天候预约查验服务，实现中欧班列优先办理、优先查验、优先放行，做到集装箱随到随查、随查随放。
三是深化关检联检联查机制。与二连海关全面实施关检合作“三互”、“三个一”通关模式，通过关检联合查验，对出入境集装箱实施“联合查验，一次放行”，实现“进口直放、出口直通”。
四是强化检验检疫国际合作。与蒙古国检验检疫部门加强联络，建立业务交流与合作机制，双方加强出入境集装箱的查验和除害处理工作，防止生活垃圾、有害物质传入传出，杜绝安全隐患。
