进入2012年以来，我国物流企业先后面临“营改增”的税制变化和油价大幅上涨的现实。这两大事件加剧了物流企业的成本压力，同时也将给我国原本粗放管理、低效运行的物流业带来深远影响。
尽管从理论的角度来看，改征增值税后物流企业税负将减少，但自今年年初在上海物流业试点推行“营改增”起，我们就开始担忧由于当前情况下增值税链条并不完整，进项税额难以充分抵扣，从而导致物流企业税负不降反增。中国物流与采购联合会3月20日发布的对上海试点物流企业的税负调研结果证实了我们的推测，当前货物运输服务实际可抵扣项目较少，使得税改后企业货物运输业务税负负担率由1.88%上升到4.20%。“营改增”后税负负担增加最主要的原因是物流企业外购的货物和劳务中有很大一部分无法索要发票或索要发票困难，这部分支出无法进行增值税抵扣。在自身抵扣困难的同时，这些物流企业的客户为了抵扣他们的增值税就会要求物流企业开具发票，又间接导致物流企业成本的上升。虽然目前的税负不长反增受到试点仅在部分企业、部分地区展开，税制衔接存在问题带来的抵扣不完全影响，是一种可调节的短期现象，而且短期内政府对于试点中税负增加的企业进行的财政补贴可以弥补税负损失，但我们应该意识到要想在整个链条上实现合理抵扣，必须要规范每一个中间环节的纳税行为，否则随着试点范围的逐步扩大，物流企业必然要面对税负增加的问题。
3月20日，国内汽柴油价格再度上涨，油价“破8”时代来临，各行各业都受到一定程度的影响。面对上涨的油价，农业率先得到直接补贴，接下来，渔业、林业、城市公交、农村客运、出租车等多个行业也得到了一定程度的油价补贴，但是同样关乎国计民生的流通领域中的物流企业并没有得到任何补贴。根据经济学原理，成本上涨将直接推动价格上涨。理论上来说，在无补贴的情况下物流企业会将上涨的成本向下传递，最终将油价上涨带来的成本增加反映在终端价格上，让消费者买单。但现实情况却是：一方面很多大的物流企业已经跟客户签订了年内承运合同，无法临时涨价，他们必须自行消化油价上涨带来的成本压力；另一方面，中小物流企业在激烈的市场竞争中已经形成一种业内价格系统的生态平衡。在同质化竞争中，消费者的忠诚度极低但需求价格弹性极高，涨价则会面临顾客流失。这样的情况下先涨价的企业不但不能缓解成本压力，反而可能因运量下降而猝死。于是中小物流企业不敢贸然涨价，只能压低利润苦苦支撑。我国物流企业本来就面临空载率高、过路过桥费高的传统问题，再加上近年来劳动力成本上涨，利润已经非常微薄。此轮油价上涨中，大型物流企业由于具备规模效应和成本优势尚能承受冲击，小微物流企业则面临较大的生存压力。在物流业苦熬寒冬的过程中，将会有一批小微物流企业被淘汰出局，物流行业面临新一轮“洗牌”。
上文分析的税负问题和成本问题根本原因在于物流企业具有小型分散的特征，物流行业低效率、高费用率的运行状况与我国社会经济总量扩张、电子商务和网络贸易快速发展带来的物流需求大量增长间矛盾的长期存在，税制改革和成本压力都将迫使我国物流业由被动到主动地进行资源整合和经营模式转型。现在物流企业正处在转型中的阵痛期，政府应当起到引导和扶持作用：引导大型物流企业规范化发展，扶持有发展潜力的小微物流企业度过困境，帮助物流行业尽快度过寒冬，迎接春天。
