就江苏而言，正规的内河航运企业已经所剩无几，这些企业在人员就业、履行社会责任、交通战备、防汛抢险、基础建设和省市县重点物资运输等方面发挥了许多重要作用，承担着较大的社会责任。然而。这些企业近年来在发展中面临着许多困难：老企业历史包袱重； 社会用工工资逐步抬高；运输成本不断增加；燃料油价格上涨幅度较大；内河水运市场鱼龙混杂；部门罚款及收费名目繁多；加强发票管理与白纸据之间矛盾重重。对于这些企业，建议政府相关部门予以政策扶持。
1、加强对运输市场的管理，为现代物流业的发展提供保障。
为了确保安全生产，交通、公安、工商等部门必须强化督促检查，在大力发展市场经济、允许各种经济形式并存的前提下，一定要建立准入制度，防止良莠不齐、鱼龙混杂。政府主管部门应在全省范围内对物流企业进行分级分类管理，根据企业规模、管理水平、信誉等级，建立目录库，定期公布、定期更新。
2、从规范内河运输行业出发，税务部门对规范的自开票纳税人给予政策扶持。
3、扩大实行燃油补贴的覆盖面。
这几年燃油价格暴涨，运输企业不堪重负。国家对客运企业、农牧渔企业实施了部分燃油补贴政策，现在应将优惠面覆盖至一定规模的运输物流企业，以达到扶持发展的目的。
4、公安、交通（海事）、工商等相关监管部门应当加大执法力度，共同规范运输市场，给企业一个公平竞争的环境，维护正规运输企业的合法权益，保护国家和人民生命财产安全。
5、上级国税、地税部门应当积极主动地加强与海事部门的沟通和协调，在办理船舶入籍手续时，应当与机动车上牌照要求一样，必须提供产品检测合格证和正规的销售发票。只有这样才能减轻基层税务人员的工作量，真正彻底堵塞造船行业偷逃税的漏洞。
6、税务部门执行政策要一视同仁，税务稽查不要“抓大放小”。对企业存在的问题应当帮助辅导在先、督查整改在后。对当前企业中普遍存在的一些共性问题，一时间难以解决的，应当逐步完善，轻言处罚。
7、继续治理“三乱”，净化市场环境。
多年前，在纪委牵头下，全国范围内“三乱”治理特别是公路、河道取得了明显成效，但是这几年又有所反弹，理由和形式皆是花样翻新，甚至个别地方设卡收税，企业负担过重，希望引起有关方面重视。
8、推进产业升级换代，加快兼并重组、做大做强现代物流企业。
鼓励现有运输、仓储、货代、联运、快递企业的功能整合和服务延伸，鼓励物流企业通过参股、控股、兼并、联合、合资、合作等多种形式进行资产重组，培育一批服务水平高、竞争力强的大型现代物流企业。采用现代物流管理理念、方法和技术，加大对物流企业兼并重组的政策支持力度，使传统运输、仓储、货代企业实行功能整合和服务延伸，加快向现代物流企业转型，形成多种所有制、多种服务模式、多层次的物流企业群体。
9、尽快在江苏乃至全国推广上海营业税改增值税试点经验，避免重复征税，降低企业税负，有利于企业在长三角地区公平竞争。
