上海物流企业在纳入营业税改增值税试点两月后发现，因货物运输服务是其最基本的服务，实际可抵扣项目较少，导致试点后企业实际税负大幅增加。
今年1月1日起，上海在交通运输和部分现代服务行业先行试点营业税改征增值税。根据试点方案，交通运输行业采取11%的适用税率，仓储、货代等作为物流辅助服务，适用6%的税率。
中国物流与采购联合会(下称中物联)在调研后近日发表报告称，装卸搬运服务和货物运输服务从3%的营业税税率调整为11%的增值税税率，上调幅度较大。特别是货物运输服务是物流企业最基本的服务，且实际可抵扣项目较少，导致试点后企业实际税负大幅增加。
造成这一状况的主要原因在于，货物运输业务增值税税率偏高，可抵扣进项税额偏少。改征增值税后，交通运输企业可抵扣的项目主要为购置运输工具和燃油、修理费所含的进项税。由于运输工具购置成本高、使用年限长(尤其是船舶，使用年限可达20年以上)，多数相对成熟的大中型企业，未来几年或更长时间不可能有大额资产购置，因此实际可抵扣的固定资产所含进项税很少。
此外，人力成本、路桥费、房屋租金、保险费等主要成本均不在抵扣范围，也是税负增加的重要原因。
中物联副会长贺登才对财新记者表示，调研测算交通运输行业的税负平均上升了1倍左右。但他也表示，由于试点才刚刚开始，因此问题可能还未全面反映。目前报告已经递给发改委和财政部等相关部门。
财新记者了解到，上海一家较成熟的第三方物流公司税改后税负增加20余万元，因为公司已经完成阶段性的设备采购，实际可抵扣的项目不多，税率则大幅上升。
上海丰润物流有限公司的相关人士对财新记者表示，公司能抵扣的主要就是加油的票和养车费用，2012年1月交税4万元，税负上升了4个百分点，自己这种经营规模较小的物流公司，税负上升很难承受，只得通过跟客户提价来维持平衡。
中物联的调研报告也显示，上海德邦物流有限公司1月份实际税负比营业税税负上升约3.4个百分点，增幅高出1倍还多;上海佳吉快运有限公司1-2月由营业税实际负担率1.63%，上升到增值税实际负担率4.71%，上升189%;上海中远物流公司1月份实际负担率增加215%。
对此，贺登才建议，货物运输服务也应该纳入物流辅助服务行业，采用6%的税率。同时，适当增加增值税进项抵扣项目，将过路过桥费、保险费、房屋租金等纳入进项抵扣范围。对存量资产(非不动产)采取过渡性抵扣政策。
此外，调研报告还表示，物流企业中从事仓储、货代等物流辅助服务的税收负担基本持平或增加不多，多数企业可通过内部降低成本提高效率等措施自行消化。
试点政策使原有增值税纳税人可以抵扣的进项税额增多，税负有所下降。试点纳税人中的物流企业小规模纳税人由原来的3%或5%的含税税率，调整为3%的不含税税率，有利于促进中小物流企业发展。
