办法规定，各地对出口企业出口货物的函调发函工作，由主管税务机关的退税部门负责，对出口货物供货企业的函调复函工作由供货企业所在地的县以上税务机关的税源管理部门或相关部门负责。
办法明确，退税部门收到复函后，确认供货企业存在下列情况之一的，不得办理出口退税，即供货企业销售该批货物开出的增值税专用发票为虚开发票；供货企业销售货物属自行生产的，其生产设备、工具不能生产该种货物，或该企业不具备该批货物产能的；供货企业销售该批非自产货物的购进业务不真实；供货企业销售该批货物为委托加工产品，其委托加工业务不真实；供货企业被注销或被认定为非正常户后开出增值税专用发票的；供货企业实际销售的货物与增值税专用发票所列货物不一致的，或出口企业从供货企业采购的货物与其实际出口货物不一致等情况。对已办理出口退税的，应将出口退税款追回。按规定需要征税的，应予征税。需要立案查处的，退税部门应及时按照有关规定，将有关资料移交稽查部门立案查处。
该办法自2010年9月1日开始施行。
