关于国库管理，财政部和央行的关系一直存在争议。
正在公开征求意见的《预算法》修正案(草案)二次审议稿中，将现行预算法“中央国库由中国人民银行经理”一条删除，引发外界诸多讨论。
央行“经理”降低效率？
现行预算法的第48条中有规定，“中央国库业务由中国人民银行经理”。但在公布的二审稿中，此项规定被删除。
现行预算法“各级政府应当加强对本级国库的管理和监督”的条文，改成二审稿中“各级政府及其财政部门应当加强对本级国库的管理和监督”，增加了“及其财政部门”。现行预算法与二审稿中，都有“各级国库库款的支配权属于本级政府财政部门”。
这些有关国库管理条文的改动，意味着中国人民银行对国库管理权限的减弱，而财政系统这方面的权限则得到加强。
据地方财政厅相关官员介绍，财政资金的拨付，需要先由财政系统各业务部门，如农业处、经济建设处等，根据预算，提出相应申请，这些申请需要首先在该部门内经过审批；各业务部门的申请，汇总到财政系统的国库处，经过审批；再到国库支付中心，或者国库支付局，经审核，再确认支付；最终，汇总到地方国库，根据央行具体风险控制标准，走不同的审批程序。
财政部财政科学研究所副所长王朝才指出，应该推行央行代理制，世界上没有几个国家是经理制。在现行经理制下，财政资金拨付过程中，还需要走央行的审批程序，需要他们相关负责领导签字通过，这往往会减缓财政资金下达的速度。财政资金的下划，是按照年初预算，中间不应该也无需央行的审批。
国务院发展研究中心研究员吴庆认为央行应该是代理国库。他指出，财政部是代政府管理财政资金，在这个过程中，需要银行服务，而央行则是负责提供这种服务的。
此前，财政部曾就预算法的修订，向各地征求意见。据媒体的报道，广东、四川等省份，均明确提出，由央行经理国库已经不合时宜，建议在资金的收缴、支付上，实行央行代理制；避免财政系统与央行出现的职能交叉，影响财政资金运行的效率。
代理无法监督？
中国人民银行国库局职能介绍的第一条，就是“经理国家金库业务”。这是依据1985年通过的《中华人民共和国国家金库条例》，第三条就规定“中国人民银行具体经理国库”。
据业内人士透露，财政部希望先通过预算法的修订，然后再依次推动预算法实施条例和国家金库条例相关条文的改动。
中央财经大学财经研究院院长王雍君指出，央行对国库究竟是经理还是代理，关系重大。他认为，综合考虑当下情况，坚持央行对国库的经理，是首选之策。经理制下，央行与财政部是平行的关系，相互分工，央行直接对政府负责；代理制下，央行与财政部是代理与委托的关系，央行需依财政部指令行事，难以对财政部起到制约作用。
中国人民银行研究局副研究员熊鹭此前接受媒体采访时表示，财政是政府的总会计，国库是政府的总出纳，会计和出纳不能互兼，国库应独立于财政部门。
中国人民银行襄阳市中心支行徐大军也曾发文指出，由于国内财政监督相对薄弱：国内核心的人大监督，每年仅对预算审查一次，且无法细化；审计署为政府组成部门，对财政部也缺乏制衡能力；应当坚持央行经理国库，强化央行第三方实时监督的作用。
徐大军还提到，由于中央财政资金充沛，每年有70%的资金通过转移支付到地方，规模巨大的转移支付资金，使得中央财政掌握着极大的审批权威和自由裁量权限，财政部门的强势地位，能规避预算法的限制。
但也有业内人士质疑，央行并不能对财政部起到有效的制衡作用。吴庆认为，按照法律规定，监督财政资金，是人大的职责；不应该由央行去监督财政部。
国库现金管理主导权归谁？
在争取国库主导权中，还有重要的一方面——国库现金管理。
2005年，国务院批准由财政部会同人民银行开展中央国库现金管理。2006年，两部委联合制定了《中央国库现金管理暂行办法》。
中央国库现金，是指财政部在中央总金库的活期存款。暂行办法要求，财政部会同中国人民银行开展国库现金管理工作，两部门协商后签发操作指令，由央行具体操作。办法同时还规定，在国库现金管理的初期，主要实施商业银行定期存款和买回国债这两种方式。
两者分工如下：财政部，主要负责国库现金预测并根据预测结果制定操作规划；中国人民银行，主要负责监测货币市场情况。
中国社科院财经战略研究院财经研究室主任杨志勇指出，随着我国推进国库集中支付制度，财政资金不再直接到各预算单位，而是给一个账面上的额度，这样资金都在国库统一账户上；又由于资金是按进度陆续拨付，所以会有资金闲置在国库账户中。这就存在一个现金管理的问题，央行对国库存款只支付百分之零点几的利率，而国库资金若转存商业银行，利率则要高得多。
国库现金管理操作的频次越来越多，金额也逐渐增加。2006、2007年，中央国库现金以定期存款的形式，每年只操作一次。2011年，中央国库以商业银行定期存款形式，操作了11次，每次金额为300-500亿元，全年利息收入为140亿元左右。今年以商业银行定期存款形式，已经操作了6次，最近4次都是600亿元的规模。
王朝才指出，若由财政部主导进行国库现金管理，能减少国债的发行。王雍君认为，在金融操作方面，央行要更为专业。
国库现金转存商业银行，会释放流动性，对货币政策造成影响。正因为此，中国人民银行国库局副局长董化杰，曾提议应该从理论和实证两个方面去研究，是否应该将财政存款纳入货币统计口径。
不过，也有业内人士指出，几百亿的操作规模并不大，对货币政策的影响有限。
吴庆指出，国库现金管理应该由财政部主导。财政资金，更多地应该考虑收支，考虑钱怎么花，花在什么地方；收益，是一个次要的问题。公共资金中，只有养老金和外汇这两方面的资金，是要讲求收益。
杨志勇也偏向由财政部经理国库。他指出，国库现金管理，是跟国库集中支付体制一并产生的。
国库库款支配权不属于财政部门
王雍君指出，财政资金是纳税人的钱，是公款。预算法规定，财政部对国库资金具有支配权，这本身是不合法理的。
他认为，对公款的支配权，应该归于权力机构——全国人大。人大作为权力机构，最关键的是授权，即进行决策——什么钱该花，什么钱不该花；而财政部门，则只是行政执行机构，公款的支配权不应该归财政系统所有。
天津财经大学经济学院教授李炜光也认为，国库库款的支配权不应该属于财政部门。国库库款性质上属纳税人所有，支配权归属于人民，政府只是国库的经管人，只有经法定程序得到授权后才可动用。未经国家立法机构批准，任何人都无权向国库伸手。
