铁路运输企业作为运输服务的提供者，遵循价格机制和市场对资源的基础性配置规律。赋予铁路运输企业经营自主权是落实铁路运输企业市场主体地位，使其成为自负盈亏、自我激励、自我发展的市场主体的前提条件。铁路运输是一种具有公共性、外部性、开放性的基础性服务，同时，还具有运输密度经济特征。作为一种基础性服务，铁路运输应该获得一定的补贴，特别是在承担公益性运输、抗灾救灾运输、军事运输等运输任务的情况下，铁路运输，尤其是客运应该得到一定补贴。
铁路运输密度经济、网络经济特性决定了它具有联动性和交叉补贴的合理性。比如，外围铁路运输量对中心枢纽运输量显然有促进作用，外围铁路的平均运输成本和边际成本与中心铁路的平均成本和边际成本差别较大。无论是按平均成本加成定价还是按边际成本定价，不同区域铁路运价的都会呈现较大差异，而不同区段铁路运价的不同，会给市场和消费者以非常繁琐甚至混乱的价格信号。所以，铁路运价要维持单一性和稳定性，交叉补贴是必要的。
由于上述两种特性，铁路运输企业自负盈亏的目标就难以实现。而若存在财政补贴或交叉补贴，则补贴程度或补贴价格的确定又是繁琐和困难的，也就是说单位补贴价格发现的成本是高昂的。
自负盈亏难以实现，并不等于自我激励、自我发展也难以做到。明确补贴程度、创设激励机制可以使铁路运输企业做到自我激励和自我发展。如美国铁路客运提供商只有一家——Amtrak公司，成立于1971年，一直处于亏损状态，靠政府补贴维持，每年大约补贴10亿至20亿美元。1979年，美国国会通过法令规定了Amtrak公司的亏损标准，由政府补贴其成本的50%。此外，如果Amtrak公司额外增加运营服务，则由当地政府承担70%的运营亏损。有些州政府如果希望维持一些亏损严重线路的客运业务，也给Amtrak公司一些财政补贴。德、英、法等欧洲国家也对铁路客运实施补贴，如德国2000年的补贴标准为6.1欧分/人，2009年降为4.2欧分/人。因为补贴标准明确，铁路客运企业仍有自我激励的空间。
落实铁路运输企业市场主体地位与建立现代企业制度息息相关。早在党的十四届三中全会上，中共中央就提出，建立 “产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”的现代企业制度。对于铁路行业，政企分开是需要深入研究的，因为铁路运输有公益性、基础性等特征，铁路产业一直是各国政府介入最深、退出最晚的行业之一。比如，欧洲实行 “网运分离”，路网公司一般为国有公司或政府控股公司，而一些运输公司如德铁等也有政府股份介入；美国客运公司Amtrak为国有企业。也就是说，政企分开是指政府不干预运输企业经营自主权，包括一定程度的定价权，但政府对于铁路运输的补贴、行业管理和价格规制都是必要的。
根据我国的国情路情，落实铁路市场主体地位，首要的是扩大路局的经营自主权。在国家没有明确的外围区域运输补贴差异的政策下，中国铁路总公司还须统一运输调度指挥，保护路网完整性，并在标准制定和路网规划建设方面发挥行业管理职能；而且现行的集中清算制度可以保证必要的交叉补贴，但必须创设明确有效的激励机制，调动运输企业开拓市场、增加效益的积极性。
当前，路局在实施多元化经营战略的同时，把企业经营所必要的管内运输组织和运输产品系列开发，管内部分营销运价政策实施、物资采购、资产运营，以及财务、劳资、用工等方面的权利和责任对等地下移到路局企业，争取做到路局企业自主开发适应市场需求的运输产品，自主扩大或缩小经营规模，拥有更多管内运输能力调配权，自主设定内部组织结构，自主制定劳动用工制度等。
