价格是市场经济的核心问题，市场通过价格机制可以优化资源配置。同时，铁路运价作为基础交通服务价格，又关乎广大民众的出行权和社会福利、关乎乘客的切身利益，需要制定合理的铁路运价体系，保障铁路运输的持续健康发展。我国铁路执行的是由发改委制定基价并报国务院批准的一套价格体系。由于铁路运价关乎国计民生，因此铁路运价制定和调整也引入了听证会制度。
运价补贴是通行做法
铁路运输的密度经济、范围经济及资产的专用性决定了铁路运输具有自然垄断特征。自然垄断下，运输服务由一个厂商提供比两个或多个厂商提供具有更低的成本。对于铁路运输供应方来说，按边际收益等于边际成本定价，可以实现利润最大化或短期亏损最小化，但并不会使社会效益最大化。由于铁路运输与人民群众生活关系密切，不能仅仅追求经济效益，还应注重社会效益，灵活的补贴和定价则可以实现社会效益的最大化。
对铁路客运进行补贴是维持铁路客运充分供给的有效方法，也是当今发达国家的通行做法。如美国铁路客运由Amtrak公司独家提供，美国政府对其进行补贴。德国和法国则对铁路客运进行了细分：法国将低等级客运看作是基本品，定低价并进行补贴，而将高等级铁路客运交由市场定价。德国则对区域客运进行政府指导价并提供补贴，长途客运则交由市场定价。而印度、俄罗斯等国也对部分铁路客运提供补贴。
现阶段，我国政府并未对铁路客运明确提出补贴的原因有二：一是过去一段时间我国铁路客运还不具备充分供给的能力，是一种短缺经济状态，铁路客运并未补贴，也未亏损。二是铁道部实际是以总公司身份来安排铁路运营和生产，在集团化公司框架下实现了交叉补贴。
交叉补贴具有一定的合理性。首先，交叉补贴使得统一运价具有了可操作性。外围铁路运输成本高于中心区域，若以成本加成定价方法进行定价，则不同区域甚至不同线路的运价都是有差异的，如此繁复的价格形成机制不具有操作性。相比来说，在交叉补贴的前提下进行统一运价则要容易操作得多。其次，外围铁路低于平均成本定价造成对外围铁路的补贴，带动外围地区铁路网的建设和完善，对于促进外围区域市场交易、经济总量增加以及社会福利提升都有积极意义。
定价和补贴应体现灵活性
对铁路进行分类并有针对性地进行补贴和实施区别化的定价原则，有利于充分利用现有运输资源。
在我国现阶段，铁路货运仍以大宗货物为主要运输对象。这些物资基本是市场交易行为，应对其进行市场化定价。而客运，尤其是普速客运或小区域客运是一种基本品，对客运定低价可以保证基本社会福利的供给。货运按市场定价，客运定低价意味着在集团化运营模式框架内货运补贴客运模式的选择，这种模式具有充分的现实依据。从我国实际情形来看，适度提高发达区域、繁忙干线的货运价格并不会使实际货运运量变少，即货运的需求弹性小；而现阶段大量客专及高铁的建成和运营使铁路客运的实际运量需求弹性大，根据拉姆齐定价原则，需求弹性小的货运定高价，弹性大的客运定低价，可使社会福利纯损减少。
高速铁路建造成本远高于普速铁路，成本收回周期较长，造成我国高速铁路的巨额债务。同时，由于速度快、间隔时间短，其运能大约是普速铁路的3到4倍，空余的供给能力及巨大的固定成本投入，使得高速铁路运输服务的边际成本远低于平均成本，因此即使运价低于平均成本，只要高于边际成本即可回收部分成本。
高速铁路强大供给能力和可替代运输方式的激烈竞争都使客运买方市场特征显现，因此，高速铁路客运更宜采用差别定价、效率定价或营销运价策略。如在运输非高峰期，适度进行价格折扣，以达到增加运输收入、平稳运输供给的目的。实行效率定价还需考察不同季节甚至一周或一天的不同时段特定线路的旅客出行特征，根据客流的变化，有针对性地开发出能适应市场需求变化的运价动态调整体系，既可以充分利用现有运输资源，又增加高铁的价格竞争力。
铁路运价改革趋势
纵观世界铁路发展历史，铁路运价规制曾是规制最严格的领域，也是放松最晚的行业。随着汽车、民用航空技术的快速发展，特别是高速公路的大量铺开，运输市场可竞争特征逐渐显著。尤其是重化工业阶段在主要工业化国家逐渐淡出，铁路运输所具有的大批量、长距离运输优势与小批量、多样性、多元化、及时性的市场需求特征开始出现不适应征兆。发达国家先后实行了铁路民营化改革。改革的目的是为了创设激励机制，引入竞争因素，开发多元化经营，增强企业收益能力。从各国改革效果看，只是在一定程度上实现了上述目标，但铁路企业的资产更加清晰化，市场竞争意识更明确了。与民营化改制相伴的是运输价格规制的放松。
我国铁路运价规制严格，虽然货运价格经过了多次提价，但若要承担补贴客运以及负担每年约六七百亿的铁路建设基金，则运价水平仍不够高，除非客运明确由政府来补贴。同时，铁路货运中存在基价外收费过多过滥的情形，反而使铁路货运价格竞争力下降。有必要整顿和规范铁路货运收费办法，做到货运价格水平既合理公平又明确公开。我国铁路客运目前仍执行的是1995年基准价格水平，虽然维持客运低价有助于社会福利改善，但过低的客运价格会使补贴负担加重和运输企业效益低下，职工收入水平得不到应有提高。在运价规制放松的趋势下，铁路运价应更多采用反映需求特征的效率定价等市场定价方法，才能使铁路客、货运既有竞争力，又能保证一定的收益水平，促进铁路运输的可持续发展。
